在宗教的發展過程裡，哲學思想也漸漸露出了眉目。成書於商周之際的《易經》，是我國古代哲學、自然科學與社會科學相匯聚的一部鉅著，被尊稱中國文化的百科全書，自問世起，深刻影響著我國的哲學、史學、文學、宗教、自然科學及社會科學。
《易經》透過“八卦”表達內涵，而八卦又延伸為六十四卦。整個易經學術的核心，就只有這三個詞：陰陽、五行、八卦。
陰陽。中國傳統哲學的基本問題，即陰陽及兩者之間的關係，由此形成“天人合一”，就是“大人者，與天地合其德，與日月合其明，與四時合其序，與鬼神合其兇吉。（《易·乾·文言》）”這裡是“陰”，本義是雲覆日；“陽”，本義是日出。人們看到晝夜、陰晴、寒暑、月蝕等現象中都包含有互相對立的兩個方面，於是加以抽象、概括為陰、陽。並將它們當作推動萬物生成變化的兩種基本元素，並支配萬物。
“道”成為中國哲學的最高原則是。而“道”，根據《易·繫辭上》雲：“一陰一陽之謂道。”《莊子·天下》雲：“易以道陰陽。”可知，《周易》的中心即闡釋陰陽之道。
道家根據“陰陽”，建立辯證法思想。它崇尚自然，追求事物的“陰陽”之和，認為在處理主客、物我關係時，均應“無為”順應事物發展的規律，陰陽要協調。作為道家學派的創始人老子，在其著作《老子》第四十二章中道：“道生一，一生二，二生三，三生萬物，萬物負陰而抱陽，衝氣以為和。”其中的“道”就是指事物的本源，陰陽二氣所形成的統一體。不過陰和陽之間不是簡單的融合，而是相互交融而形成一種均衡的存在狀態，萬物就是在這種存在狀態中一直衍生下去，永不停息，最終構成了世間的萬事萬物。
萬物背陰而向陽，並且在它們相互作用下而成為新的和諧體。接著老子用君主的謙稱作為例子，引出了它施教的宗旨。老子認為所有一切事物都是變化發展的，矛盾的雙方相反相成，既是對立的，又是統一的，在一定條件下可以相互融合、互相轉化，因此其辯證處事原則可用“謙受益，滿招損”來概括。
儒家根據“陰陽”，提出“中和”思想，還把它作為政治主張、倫理道德的理想模式。作為儒家的創始人孔子，也十分推崇“和”，將“和”作為儒家學說的總領，如“中庸之道”就脫胎於“陰陽”之和，換句話說，就是在“陰陽”之間找到契合點。當然，這也不是說“中庸之道”就是將“陰陽”孤立起來然後相加，而是要在變通中積極調節，孔子既將它納入自己以“仁”為核心的哲學體系，還將“陰陽”辯證思想融入文化理念。《中庸》雲：“道之不行也，我知之矣：知者過之，愚者不及也。道之不明也，我知之矣：賢者過之，不肖者不及也。”大意是很少能有人達到它，賢能的人做得太過分，不賢的人根本做不及，只有把握好陰陽之間的尺度，做到適中、恰當才能實行長久的中庸。可見，在儒家學者看來，中庸不但是一種德行，而且是人生應該追求的一種崇高境界。當然，這樣來塑造人，是對陰陽理論的理想化、人格化了。
法家則繼承了“陰陽”的變數，並梳理出一套應對人間“變數（包括生老病死等）”的方法。呂不韋《呂氏春秋》一書中，對音樂藝術運用太極陰陽和諧辯證法進行評述，形成太極陰陽論；劉安《淮南子》對“陰陽”學說進行描述，認為之所以有無限存在和運動的源泉，是由於它包含著陰陽結構。
可知，中國傳統文化的主幹就是“陰陽”思想，這也是中國特有的思維方式，因此普遍存在諸子各家的思想中，也無時無刻不存在與我們的生活中。
五行。“五行”學說也是我國古代哲學的重要內容，齊思和《中國史探究》中說：“吾國學術思想，受五行說之支配最深，大而政治、宗教、天文、輿地，細而堪輿、占卜，以至醫藥、戰陣，莫不以五行說為之骨幹。士大夫之所思維，常人之所信仰，莫能出乎五行說範圍之外。”
“五行”一詞的最早見載於《尚書·甘誓》：“有扈氏威侮五行，怠棄三正。”《甘誓》是夏啟討伐有扈氏時的誓詞。文中“五行”一詞，其真正含義已難以考察，應該是指五種應行之道，但是可以確定不是“金木水火土”五行。將五行確指為“金木水火土”的最早記載於《尚書·洪範》，“箕子乃言曰：我聞在昔鯀陻洪水，汨陳其五行，帝乃震怒，不畀洪範九疇，彝倫攸斁。……五行：一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰潤下，火曰炎上，木曰曲直，金曰從革，土爰稼穡。潤下作鹹，炎上作苦，曲直作酸，從革作辛，稼穡作甘。”這裡說的是周武王十三年滅商後，商朝貴族箕子與周武王的對話，為西周初期的文字。這裡的“五行”應該是指生活中常用的五種物質，且從其排列順序看，還沒相生相剋的觀念，應該屬於早期原始樸素的五行概念。這裡的“五行”，與五刑、五典、五服等一樣，都是古人以五類來劃分事物的方法之一。《尚書大傳·洪範》雲：“水火者，百姓之所飲食也；金木者，百姓之所興作也；土者，萬物之所資生也，是為人用。”《左傳·襄公二十七年》也雲：“天生五材，民並用之，廢一不可。”也就是說“五行”和民眾生活密切相關，民眾才對五行有深入的瞭解，而後才發展成五行生剋的理論。這就是“五行”學說起源之一的五材說。
還有四時說。四時，就是春、夏、秋、冬四季。四時最早始見於《尚書·堯典》：日若稽古帝堯……乃命羲和，欽若昊天，曆象日月星辰，敬授人時。分命羲仲，宅蠍夷，日腸谷。寅賓出日，平秩東作。日中，星鳥，以殷仲春。厥民折，鳥獸擎尾。申命羲叔，宅南交，平秩南訛，敬致。日永，星火，以正仲夏。厥民因，鳥獸希蘋。分命和仲，宅西，曰昧谷。寅餞納日，平秩西成。宵中，星虛，以殷仲秋。厥民刃，鳥沁毛毯。申命和叔，宅朔方，日幽都。平在朔易、日短，星晶，以正仲冬。厥民腆，鳥件亂毛。帝日：諮！汝羲暨和，膏三百有六旬有六日，以閏月定四時，成歲。
據《堯典》，帝堯任命羲、和上人掌管天地，又任命其四子分管“春夏秋冬”四時。而天地之官的主要任務亦在於觀測天象，以定時節，並根據四時節氣，分派農事活動。不過，由於《堯典》的編寫時間至今還難以確定，但我們也沒有發現足夠的材料證明其是假的，因此記載堯時透過觀測天象大體規定二分二至（春分、秋分、夏至、冬至）的傳說還是有價值的。而二分二至的大體確定，則是劃分四時的天文依據。“五行相生學說”最早見於《管子》，該書中的《五行》《四時》《幼官》和《輕重己》都是論述五行學說的重要文獻，只是各篇有出入。其中，《四時》載有一套五方與天象、四時、氣候、五行、人體、政令、災變相配的體系。木火金水分配春夏秋冬四季，東南西北四方，各主時三個月。土排在火之後，主中央，因此五行相生順序出現了。土主時為一歲，“其德和平用均，中正無私，實輔四時，春嬴育，夏養長，秋聚收，冬閉藏。”《呂氏春秋》《禮記·月令》《淮南子》進一步發展《管子·四時》的思想，形成一套能將天地萬物囊入其中的龐大體系。
當然還有五方說。在甲骨文中，殷人將自己所在地域稱作“中商”，而與“東土”、“南土”、“西土”、“北土”相併列，說明當時人們開始運用東南西北中五個概念來確定空間方位，又將四方風雨的氣候變化和五個空間方向聯絡考察。
八卦。八卦表示天地陰陽二氣在升降運動的消長進退過程中所發生的量變，而這不同的量變相互組合就會構成不同種類事物的質變， 如 （乾） 與（坤）、 （兌） 與 （艮）、 （離） 與 （坎）、 （震）與 （巽），如此八卦相錯，其基因（陽爻陰爻）不斷的選擇組合，由三爻的八卦演變為六爻的六十四卦。其實，八卦符號是古代的一種語言，我們運用《易經》就相當於是把一種古代語言翻譯為現代語言而已。
可見，陰陽是內容，五行是形式。陰陽相互轉變，五行相生相剋，體現中國古人樸素的唯物主義辯證法。
“陰陽五行”哲學觀逐漸融入中國人的生活，在天文學、氣象學、化學、算學、音樂、醫學和武學等領域影響十分巨大。
實際上，從哲學方面講，“陰陽五行”學說還是有一定科學道理的。
但是，至漢朝自董仲舒提出“陰陽五行、天人合一”的學說後，“陰陽五行”學說就從哲學方面轉換到其他領域了。如光武帝就將它閹割成了用儒家經典來算命卜卦的“讖緯之學”，並把所有讖言的解釋權，全都收歸官方。直到現在，你還會看見很多國人用“陰陽五行”卜卦算命，看風水、算福禍。
人們透過生辰八字以及五行分析，人的相貌，體型、性格啊、健康等等方面，乃至一生的榮辱禍福都和陰陽五行息息相關。這個時候的“陰陽五行”學說，已經偏離了科學的軌道。