孫策臨死時，給孫權的遺囑是 “ 內事不決問張昭，外事不決問周瑜 ”。這不僅是因為周瑜比較有主意、能力強，也是因為周瑜實際上是孫策時期加入孫氏陣營的文武臣僚的領袖，重要將領都會唯他馬首是瞻。周瑜的態度，可以影響其他將領的態度。
孫策去世後，周瑜將兵赴喪，從此留在孫權身邊，與張昭二人一文一武，共同輔佐孫權，此時周瑜的地位明顯要高於其他將領了。在這幾年間，孫權對周瑜基本上是言聽計從，赤壁之戰時更讓他做主帥迎擊曹軍，成就了周瑜的赫赫功名。赤壁之戰後，由於孫權和周瑜的政治觀點的不同，孫權沒有采納周瑜的建議，後來也十分後悔。但他對周瑜的懷念和評價一直是所有大臣中最高的，周瑜子女皆嫁娶太子和公主，也可見一斑。
赤壁之戰後，周瑜在東吳的聲望和地位更加水漲船高，但周瑜此時畢竟年齡不大，只有36歲，仍然可以從容地為東吳的整體利益服務。而孫權則在此期間，逐步調整和培養他能夠控制的將領，來掌握軍隊。可以想象一下，如果周瑜沒有早死，而是孫權早死，東吳出現一個幼年即位的主公，而周瑜別說像司馬懿那樣長壽，哪怕只是活到五六十歲，他的兒子都已長大成人，吳國是否還能繼續姓孫，就很成問題了。
周瑜死後，孫權一度給周瑜很高的評價，給予各種豐厚待遇。但是，在對待周瑜的孩子的問題上，孫權就暴露出了他內心對周瑜的另一面，周瑜的兩個兒子，長子周循早亡，次子胤因罪被貶，還是諸葛瑾等人後來求情，才準備啟用，結果周胤死了。周瑜的侄兒周峻也因為周瑜的原因，被拜為偏將軍。周峻死後，全琮推薦周峻的兒子周護為將。
周瑜與孫權也可算一起長大，他比孫權年長數歲，周瑜雅量高致，大率得人，而又意氣風發，孫權非常瞭解周瑜的才華，孫策去世後周瑜又將兵赴喪，用實際行動支援孫權，無論從哪方面看，孫權都應是相當喜歡周瑜的。而在張昭方面，孫權本人也較擅長政治，張昭的才能也就不能顯得如孫策是重要，而孫策臨終對張昭說“若仲謀不任事者，君自取之”這句話，很可能對城府極深的孫權也產生了某些心理陰影。