崇禎二年（1629年）六月五日，袁崇煥在雙島的山上設定大帳，等待著毛文龍的到來。沒過多久毛文龍帶著人馬來了，他準備帶著人馬上山，袁崇煥攔住他說不用帶這麼多人，帶上你的親信就行了。
毛文龍沒多想隨即就帶上自己的親信跟著袁崇煥上了山，從這一刻起毛文龍的悲慘結局就註定了。
在上山的途中，袁崇煥突然停住了腳步，對著毛文龍身邊的人說了一句奇怪的話“你們在邊疆為國效力，實在辛苦，請受我一拜！“眾人受寵若驚，紛紛回拜。
一邊走一邊聊，袁崇煥很和氣，毛文龍也很高興，氣氛也不錯，直到眾人進入了營帳裡。
突然間袁崇煥大喝“毛文龍，本部院和你談了三日，只道你回頭是遲也不遲，哪曉得你狼子野心總是欺誑，目中無本部院，國法豈能容你。”
面對袁崇煥的突然變臉，毛文龍沒有反應過來，還是一臉堆笑。
袁崇煥又總結了毛文龍十二大罪，其中有錢糧不受管轄，冒功請賞，撒潑無禮，走私，做海盜，好色，給魏忠賢立碑（袁督師還建議給魏忠賢建生祠），沒能收復遼東，貪汙糧餉，擅開馬市，擅殺百姓，欺上瞞下。
毛文龍還在不知所措的狀態，袁崇煥就令人把他的官服給脫了，並將他綁了起來。
這時毛文龍才想起反抗說“我無罪！”
接著袁崇煥拿出了尚方寶劍，又說道“你說本部院是個書生，本部院是朝廷將首！“
毛文龍怕了，趕忙求饒“文龍自知死罪，懇請督師恩赦。“
袁崇煥接著說“今日殺了毛文龍，本督師若不能恢復全遼，願試尚方寶劍償命！“
接下來他面向京師方向跪拜，將毛文龍拉出營帳，斬首！
……
袁崇煥為什麼一定要除掉毛文龍？
簡單說兩點：
一，毛文龍不服從朝廷命令，也不聽自己的。
二，除掉毛文龍可以在遼東立威。
毛文龍帶著兵來的，還有自己手下親信跟著，他為什麼不反抗反而束手就擒讓袁崇煥砍了自己？
這裡邊有貓膩，毛文龍與後金方面有著不可告人的小秘密，心裡有鬼，袁崇煥暴起數其罪，毛文龍還以為密約被皇帝知曉了，派袁崇煥拿著尚方寶劍來殺他，他這一下子就瞢了，他心想是皇帝的意思就束手就擒了。
但是讓他沒有想到的是，自己終究是太低估了毛文龍的對於整個抗金戰局的影響了。毛被殺三個月之後，後金十萬大軍就繞道蒙古，由喜峰口攻陷遵化，兵臨北京城下。其部下孔有德，耿仲明也因要為他報仇，投降後金，為後金立下赫赫戰功。
而袁崇煥也沒想到他的結局竟然是凌遲，在歷史發展中，一個決定往往決定了歷史走向。