建文四年六月，燕王朱棣打進南京，侄子建文帝的失敗已成定局。朱棣雖然取得了勝利，但是心中卻顧慮重重，因為他無法確認建文帝到底是生是死，這也成了困擾朱棣終身的一件事情。
關於建文帝朱允炆的生死之謎，早已經成為一樁懸案，即使是明史學者專家也不能確切斷定建文帝究竟下落何處 。
朱棣打進南京後，並沒有直接攻入皇宮，而是在宮外靜觀其變，看看皇宮裡建文帝會做何選擇，但是出乎意料的是建文帝命太監放火焚燒了宮殿，等朱棣帶著部下進入皇宮時，已經找不到建文帝了，只有兩具燒焦的屍體。
由於屍體已經燒的面目全非，無法分辨，加上宮女太監均認定建文帝已燒死，借坡下驢的朱棣隨即命人對外宣佈建文帝已死，並按帝王規格厚葬建文帝。
明面上對外宣稱建文帝已死，但是朱棣本人和他的親信根本不相信燒死的就是建文帝，畢竟僅憑兩具燒焦的屍體無法證明建文帝的生死，這也成了朱棣心中難以抹去的陰影。
為了尋找建文帝，朱棣派人在全國範圍內秘密尋找，但是一無所獲，朱棣終其一生也沒有找到侄子建文帝。
建文帝的下落之謎，流傳最廣的就是逃亡貴州說、出家說和流亡海外說三種。
（一）逃亡大西南：在位於貴州省關嶺布依族苗族自治縣的山上，分佈著幾十個神奇的古文字，被稱為“紅崖天書”，據說當年建文帝逃難至此時，在崖壁上刻下了討伐朱棣的檄文，號召天下勢力支援他討伐朱棣，但是又不能明說，所以採用了神秘的古文字釋出檄文，希望既能號召天下，又不至於暴露身份。
但是此時的朱棣已經坐穩天下，朱允炆再無翻身機會，所以這篇討伐朱棣的檄文也就成了後世口中深奧難懂的“紅崖天書”。
（二）出家為僧：此種說法是根據《明史紀事本末》記載，說朱元璋臨死之前給孫子建文帝留下了一個箱子，如果遇到大難時將其開啟，就可以脫離險境，建文帝開啟箱子後發現裡面有提前規劃好的出逃路線以及剃刀和袈裟，還有僧人使用的通關文牒，建文帝明白這是爺爺讓自己打扮成僧人模樣化妝出逃，保住性命以圖東山再起。
但是這個記載根本就不靠譜，經不起推敲，朱元璋生前怎麼會知道孫子建文帝有此一難？假設知道的話，又怎麼可能沒有提前做好準備？按照朱元璋的性格，定會臨死之前替孫子除掉威脅，哪怕是自己的兒子也在所不惜。所以建文帝化妝成僧人從皇宮出逃避難，可信度不高。
（三）出逃海外：朱棣懷疑建文帝趁皇宮大火之際逃出皇宮，帶著隨從親信遠走他鄉，逃亡到了海外，為了找到建文帝，朱棣指派鄭和下西洋，在海外暗中尋找建文帝，最終也是一無所獲。
個人觀點認為，建文帝出逃海外的可能性較大，其一是南京水路發達，有利於乘船出逃，其二是明朝時期海上絲綢之路十分發達，與周邊國家交流廣泛，這些條件完全有利於建文帝出逃避難，所以，建文帝出逃海外的可能性還是比較大的，比起在國內躲藏要安全的多，畢竟此時的大明天下已經不屬於他，而是有了新的主人——他的叔叔朱棣，選擇出逃海外，或許是明智之舉