大明永樂五年（1407年），明太宗（成祖）朱棣的皇后徐氏在京師（南京）駕薨；當時，工部官員向成祖陳奏，請於紫金山太祖的孝陵附近，為皇后挑選陵寢地址。
太祖當年建孝陵時就有制度—“帝后合葬”；假如徐皇后的陵寢建在紫金山的話，那麼成祖若干年後駕崩，必然會同徐皇后合葬，也會落葬在京師（南京）。
但成祖自靖難成功、登基稱帝以來，一直有將國都遷往自己為燕王時的大本營——北平順天府（北京）的心願，如果在南京修陵，那麼將來遷都之事就得泡湯；於是，成祖否決了工部的請求，不在紫金山附近挑選皇后的陵寢地址，而是派禮部尚書趙羾與自己的親信術士廖均卿（還有王賢、王侃、吳永、馬文素、曾從政、劉玉淵、遊朝宗等術士），前往順天府，在北平順天府所轄的州縣內，選擇合適的陵址，作為皇后、以及自己將來的萬年吉地。
成祖這麼做的本意，是向朝野、群臣、萬民公開宣示——自己（與皇后）的陵墓修造在順天府，就是大明將要遷都北平順天府的先兆。
趙羾、廖均卿等人奉旨北上，抵達順天府後，立即展開了勘探工作；經過一番仔細走訪後，他先後找到了幾處上佳的吉壤，位於順天府以西的玉泉山、潭柘寺、香山等地，另有口外的屠家營、昌平羊山狼兒峪、燕家臺各處，也都卜選到了合適的吉壤。
趙羾、廖均卿、王賢、王侃等勘定了諸多陵址目標後，先後向成祖發出奏疏，將卜選好的地址以及風水圖繪製成冊，交由皇帝親自稽核。但成祖對以上預選的陵址都不滿意（或是名稱不吉，例如燕家臺，音同“晏駕”；或是地勢不夠寬敞，後世子孫沒有了建陵的餘地，比如潭柘寺附近），統統加以否決，命諸人繼續找尋合適陵址。
諸人無法，只得繼續在順天府附近找尋合適的陵址地。直至永樂七年（1409年），王侃、吳永二人在順天府昌平縣治以北約二十里的地方，找到了一處名叫“黃土山”的地址，各方面都符合成祖的要求，於是所有風水術士皆前來勘察卜測，最終的意見是——這裡確屬最佳的皇陵建造位置。
於是，廖均卿、王侃、吳永等風水師將黃土山附近的風水、地勢走向圖仔細繪製成圖，再次呈送給成祖御覽。成祖檢視了黃土山的風水地勢圖後，很是滿意，便一錘定音，下旨就在此地為皇后建造陵寢，並賜黃土山名為“天壽山”。
從永樂七年（1409年）陵寢正式開建開始，經過五年多的不間斷建造，至永樂十一年（1413年），天壽山皇陵地宮全部建成，成祖將仁孝皇后的梓宮先期葬入地宮中，並不關閉宮門，以待自己將來駕鶴後，和皇后合葬於此。同時，皇陵的地面建築，如祾恩殿、碑亭等，也在繼續修造中。
永樂十四年（1416年），成祖決定遷都順天府。第二年，勳臣泰寧侯陳珪奉成祖詔令，擔任新都城建設的總監督，並以京師（南京）皇宮為模板，開始了大規模建造順天府皇宮、及配屬的朝廷官衙、皇家監署等設施的緊張施工過程。
永樂十八年（1420年），順天府的新皇宮以及城垣、官署全部建成，當年，成祖下詔正式遷都，以原京師應天府為南京，升北平順天府為京師；並明確規定，從此後順天府不再加“行在”稱號。
永樂十九年（1421年）正月，大明國都正式遷到了順天府，上至皇帝、下至文武百官，第一次在新都皇宮奉天殿前，舉行了正旦朝會大典。
永樂二十二年（1424年）七月，成祖在第五次北征返回的途中，駕崩於榆木川，皇太子朱高熾奉遺詔登基，即大明第四代皇帝——明仁宗。
仁宗在將成祖的靈柩迎回京師後，便主持了隆重的國葬儀式，將成祖遺體安葬於修建天壽山皇陵內，和去世十七年的母親合葬；仁宗還親筆書寫了成祖的“神功聖德碑”碑文，並御賜皇陵的正式名稱為“長陵”。
宣德二年（1427年），長陵的地面建築全部完工，這也是昌平天壽山皇陵區內，第一座落成的帝陵。在這之後的二百多年裡，天壽山下又增添了十座帝陵，明成祖朱棣的後世子孫嗣皇帝們，在走過或長或短的一生後，也按照當年成祖皇帝所定下的制度，歸葬於天壽山皇陵區內，在各自的陵寢中安然長眠。
後來陸陸續續修造好的天壽山大明帝陵，分別是：獻陵（明仁宗朱高熾）、景陵（明宣宗朱瞻基）、裕陵（明英宗朱祁鎮）、茂陵（明憲宗朱見深）、泰陵（明孝宗朱祐樘）、康陵（明武宗朱厚照）、永陵（明世宗朱厚熜）、昭陵（明穆宗朱載坖）、定陵（明神宗朱翊鈞）、慶陵（明光宗朱常洛）。
為了更好地管理、維護天壽山皇陵區，正德二年（1507年），明武宗升昌平縣為昌平直隸州，管轄懷柔、密雲、順義三縣；從此，昌平成為大明的京畿重鎮。
另外，因為“奪門之變”的緣故，明代宗朱祁鈺被重祚的大哥明英宗朱祁鎮趕下皇位、廢為郕王、並詭異地死於西苑後，沒能入葬他早就在天壽山下修建好的“壽陵”地宮中（代宗的繼任皇后杭氏在薨逝後，已經先期葬入壽陵地宮），而是被英宗以親王禮改葬於西山（玉泉山）北麓，他的“壽陵”也被英宗搗毀，此後一百多年都沒有恢復。直到光宗駕崩後，因為在位時間短，來不及給自己修陵，所以才使用了代宗荒廢的舊陵址，即現在的“慶陵”。
天啟七年（1627年）八月，明熹宗朱由校因病駕崩，年僅二十三歲。因為熹宗少年繼位，自認為年紀尚輕，不必過早建陵，因此沒有在天壽山陵區內為自己卜選吉壤。
後來，遼東局勢糜爛，國家財政被不間斷的戰事拖得面臨崩潰，更加沒有充足的資金可以拿出來修陵了。熹宗的陵寢建造工程，就這樣一直拖下去，直到他駕崩時，其身後的陵寢也沒能開工建造。
熹宗駕崩後，因為他的三個皇子都先後夭折，沒有直系子嗣承襲大統，所以大明皇統被其弟信王朱由檢承襲，即大明第十六代皇帝——明思宗崇禎帝。
崇禎帝繼位後，立即給皇兄在天壽山皇陵區卜選吉壤，以為陵寢開建所在（前任皇帝的梓宮長期停放於皇宮內，也不是個事）；當時，天壽山陵區內，上好的吉壤已經全部建陵，別無佳地。最終，禮部和欽天監退而求其次，在世宗永陵的東南方向、天壽山潭峪嶺西麓一塊次一級的吉壤處為熹宗選定了陵址。
崇禎帝繼位時，大明的財政危機愈發強烈，即使崇禎帝想盡了辦法，但給熹宗建陵的費用還是捉襟見肘。後來，崇禎帝咬牙從內帑中撥付白銀五十萬兩，還向朝中大臣們發出了捐助詔令，募集了數十萬資金，這才使得熹宗的建陵資金落實到位。就這樣，崇禎帝還數次囑咐負責陵園營建工程的工部尚書薛鳳翔：‘務用節儉、以期速成’。
崇禎元年（1628年）三月，熹宗的皇陵地宮建築落成，初八日，熹宗奉梓宮被葬入皇陵地宮；崇禎帝御賜陵寢名為“德陵”。熹宗的德陵，是大明王朝所修建的最後一座帝陵。至此，天壽山皇陵區內，已經有了十二座帝陵。
按照祖宗制度，原本崇禎帝也應該在天壽山皇陵區內為自己卜選吉地，修建陵寢，但崇禎帝也是少年繼位，初期不必要立即建陵；而當崇禎帝年歲漸長時，大明的內外形勢也急劇惡化，國內農民起義此起彼伏，關外的後金（清朝）政權逐步壯大，大明朝廷在不斷的“攘外安內”中顧此失彼、元氣耗盡——“草野之力盡耗、國家法令敗壞、邊疆搶攘日甚、朝堂糾紛綿綿、疆場將驕兵惰”；所以，崇禎帝沒有能力面對這錯綜複雜、大廈將傾的危急局面，更加沒有能力、財力、精力，為自己在天壽山皇陵區內修造身後的陵寢。
另外，崇禎帝為人雖然剛毅不折，但其心性猜忌寡恩，“任察則苛刻，尚氣則急遽”，統御群臣嚴苛而急躁、又無擔當，導致文武百官陽奉陰違、遇事推諉、不願任事（害怕被皇帝強行甩鍋），大明中樞政局沉淪、政令紊亂，局勢愈發糜爛不堪；在崇禎帝的不斷折騰下，大明社稷於十七年後，走向了滅頂之災。
崇禎一朝十七年間，農民起義愈演愈烈、國內烽煙四起、朝廷喪師失地、損兵折將，黃河以北地區已經被農民軍佔據多處，江山一片風雨飄搖；而關外的後金（清朝）政權也五次毀邊牆入寇，劫掠北直隸、山東各地，沉重打擊了大明中樞政權的權威和實力。內外夾攻之下，崇禎帝再也沒有能力和手段來應付這險惡的局面，只得被動地左支右絀承受，在絕望中迎接社稷傾頹的最後時刻。
崇禎十七年（1644年）正月初一，崇禎帝在京師（北京）皇宮奉天殿舉行一年一度的正旦大朝會，但就在朝會舉行途中，崇禎帝接到了兩個讓他震驚不已的噩耗——其一、“鳳陽地震，皇陵震動！”其二、陝西“流賊”首領李自成，已於當日在佔據的西安同樣舉行了正旦禮，並正式稱帝，建國“大順”，改元“永昌”，和大明朝廷正式分庭抗禮！
接到這兩個讓人揪心不已的壞訊息後，崇禎帝心情沮喪、情緒低落，當即中止了正旦朝會，並免去了奉先殿叩拜祖宗的程式，然後立即轉回乾清宮，召集內閣諸臣緊急商議，討論如何應對李自成稱帝之事。
同一天，關外的清朝都城盛京（瀋陽），六歲的清朝皇帝福臨也在盛京皇宮中的祭祀場所——“堂子”內，舉行行禮、祭祖、祭天活動，以賀順治元年（1644年）正旦。一片新年的喜慶氣氛中，清軍第六次越邊牆進攻大明的計劃還沒有提上議程，“入主中原”的行動更多隻是停留在計劃中，包括順治帝、及兩位攝政王在內，清朝君臣還沒有做好任何進軍中原的計劃。
李自成在西安稱帝建國之後，立即準備東征京師，消滅大明中樞，統一天下。為匯聚人心、顯示新朝的氣象，李自成命大順天佑殿大學士牛金星、禮政尚書鞏焴草詔，以大順皇帝的名義下達了討明詔書，公開向大明皇帝釋出了勸降令；李自成承諾崇禎帝如果主動投降，則“不吝異數，如杞如宋，享祀永延。”
大順永昌元年（大明崇禎十七年、1644年）二月初二，李自成親率大軍從西安出發，經沙渦口過黃河，向京師方向進發，正式展開伐明的軍事行動。
大順軍出兵後進展順利，汾州（山西汾陽）、陽城（山西陽城）、蒲州（山西永濟）、懷慶（河南焦作）等地紛紛被攻克，山西首府太原也在二月初八被大順軍拿下。二月十六，忻州（山西忻州）被攻克。二月二十九，大順軍攻克代州（山西代縣），代州守將周遇吉退守寧武關（山西寧武），堅持抵抗。
三月初一，大順軍圍攻寧武關，周遇吉的軍械火藥全部用盡，又不願意再退，於是主動開關，與大順軍決戰。激戰中，周遇吉不敵而身死，守軍全軍覆滅，大順軍同樣損失慘重。在寧武關之後，大順軍再也沒有遇到過沿途明軍的有力抵抗。
在大順軍向京師進發時，崇禎帝焦急萬分，多次召集輔臣及九卿高官入宮商議，以應對危局。但在廷議中，諸臣都怕重蹈覆轍（因為替崇禎帝背黑鍋，已經有相當多的文臣死於非命，其中不乏首輔、次輔等頂級高官），所以面對皇帝期盼的“由臣子提出遷都、然後自己再勉為其難接受”心願，輔臣們都不敢、不願承擔“唆使皇帝逃跑”的罪名，沒有任何人願意出頭，奏請皇帝南遷。
崇禎帝出於不信任諸臣、害怕會被架空的心思，也堅決不同意輔臣們提出的“太子南下、以保國本”的建議。君臣之間就這樣相互猜忌、敷衍，毫無信任可言。面對如此境地，心灰意冷的崇禎帝極度的絕望和憤慨，於是做出了“國君死社稷，古今之正；朕志已定，毋復多言！”的決定，要帶著滿朝文武和全家老小，一起給大明王朝殉葬。
攻克寧武關後，大順軍繼續東進，明大同總兵姜瓖、宣府總兵王承胤在大順軍還沒到來前，就遣使請降，大同、宣府不戰而克。三月十五，李自成率大軍抵達居庸關，守將昌平總兵唐通因為千辛萬苦趕來勤王，結果糧草軍餉都被來勞軍的太監私吞，因此怒火萬丈，乾脆將居庸關天險拱手讓給大順軍，也主動歸降。
三月十七，大順軍攜連勝之威，經沙河、高碑店，直抵京師西直門外，然後用繳獲的明軍大炮轟擊京師彰義門、西直門。當天，崇禎帝人生中最後一次上朝，坐在寶座上的皇帝已經清晰地聽見城外的炮聲；想起風雨飄搖的社稷，崇禎帝潸然淚下，用茶水在御案上寫下“文臣個個可殺”六個字後，便無奈退朝了。
退朝後，崇禎帝曾召見駙馬都尉鞏永固（崇禎帝姐夫）、新樂侯劉文炳（崇禎帝表弟），讓他們率府中的家丁護送皇太子逃出城外，前往南京。鞏永固、劉文炳惶恐不已，叩首稱“親臣不藏甲、臣等安敢有家丁”，崇禎帝默默無言，唯有流淚。
當夜，京師外城廣寧門被守門太監（非野史中記載的曹化淳）獻給攻城的大順軍，外城告破，大順軍隨即洶湧入城，崇禎帝與太監王承恩登皇宮後的煤山（景山），遠眺外城連天烽火、哀嘆徘徊，很久後才下山。
三月十八，崇禎帝召集三個皇子——皇太子朱慈烺、皇三子定王朱慈炯、皇四子永王朱慈炤，讓他們改穿百姓衣服，分別去外戚周奎、田弘遇家躲藏避難。皇嫂懿安皇后（熹宗張皇后）、皇后周氏、貴妃袁氏在崇禎帝的勸說下自盡（貴妃田氏已去世），住在壽寧宮中的兩位公主則被崇禎帝親手砍殺（其中長平公主幸而未死、昭仁公主傷重而死）。
處置好親人後，已經是三月十九的凌晨時分，在心腹太監王承恩的陪伴下，崇禎帝脫下皇帝常服，換大帽衣靴，由上百名武裝太監護衛，想要逃出城外。但崇禎帝連續繞行於東華門、朝陽門、安定門，都沒能夠出城，還被守城士卒發炮驅趕，只得轉回皇宮。
此時，京師內城宣武門、正陽門、朝陽門分別被守門太監、文臣、勳臣等獻給了大順軍，大順軍進入了內城，京師全城也告失陷。
崇禎十七年（1644年）三月十九清晨，走投無路的崇禎帝在王承恩的陪伴下，再一次登上了萬歲山（煤山），脫下身上穿著的藍色大袍、在上面親書“朕登基十七年，雖薄德匪躬，上幹天怒，然皆諸臣誤朕，致逆賊直逼京師。朕死，無面目見祖宗於地下，自去冠冕，以發覆面，任賊分裂朕屍，勿傷百姓一人”的遺言；隨即，崇禎帝於萬歲山壽皇殿外的歪脖槐樹上，解下衣帶、自縊殉國，時年三十四歲。王承恩侍奉崇禎帝殉國後，也自盡殉葬。
崇禎帝自盡殉國的當天，大順皇帝李自成在數萬軍隊的簇擁下，自德勝門入京師外城，然後由降順的太監王德化引導，經承天門直入皇極殿，成為皇宮紫禁城的新主人。
李自成進入京師的第一件事，就是搜捕崇禎帝及其家眷；很快，在李自成的嚴令下，周皇后、懿安皇后、昭仁公主的遺體都被找到；同時也將自盡未死的袁貴妃、被砍斷手臂昏死過去的長平公主搜尋出來，加以妥善安置。
而剛剛逃離皇宮的皇太子和定、永二王，也被別有用心的人在出宮時就一併挾持，大順軍入城後，三位皇子都被當做投名狀獻給了李自成。
但崇禎帝本人的蹤跡卻一直沒有下落，為了找到崇禎帝，李自成不惜下達了“獻帝者賞萬金、封伯爵；藏匿者夷滅三族”的詔令，但統統沒有結果。
直到三月二十一，崇禎帝的御馬被人發現在萬歲山下漫無目的吃草、且無人照看；大順軍由此推測，崇禎帝可能就藏匿在萬歲山上；於是，諸人立即衝上山頭，準備活捉崇禎帝，獻給李自成後，得到“萬金、伯爵”的爵祿重獎。
但當大順軍士兵衝上萬歲山後，卻愕然地發現：壽皇殿外的槐樹上，掛著兩個自縊的遺體，其中一位著單衣單褲，一隻腳光著，一隻腳穿紅靴，另一個穿太監服飾。經過召喚皇宮中的小宦官辨認後，才得知穿單衣者就是崇禎帝本人，另一位則是殉主的崇禎帝心腹太監——王承恩。
崇禎帝在萬歲山上自縊的訊息，很快就傳到了李自成耳中，心中一塊石頭落了地的李自成沒有多少欣喜的感覺，反而有些悵然若失；在他的命令下，崇禎帝的遺體被從萬歲山上抬下來，用一塊門板裝著送到東華門外，隨後，周皇后的遺體也從宮中抬到東華門，和崇禎帝放在一起。
起初，李自成命大順官員用兩口普通的柳木棺材裝殮崇禎帝夫婦，將崇禎帝夫婦的棺木停放在東華門外的護城河邊，並搭起簡易的靈棚，以便讓前明的文武官員去拜祭故主。
不過，得知皇帝已經殉國訊息後，能夠不顧危險、親自到崇禎帝靈柩前哭祭的前明官員只有三十人餘人，來拜祭、沒有哭的官員有六七十人；其餘在京官員，或是根本不來哭拜，或是急匆匆過東華門，不做停留、看一眼就走了，社稷傾頹時的人心，莫過於此。
因為害怕大順軍的“秋後算賬”，所以即使來哭祭崇禎帝的前明官員，絕大多數也不敢主動出面，為故主料理後事、安排喪葬事宜。最後，是勳臣襄城伯李國楨在哭祭完崇禎帝后，求見李自成，向李自成提出了“天壽山陵寢不可破壞、以天子禮儀安葬先帝、請妥善安置皇太子及二王”三個條件，李自成出於安撫京師人心的目的，一一答應。（李國楨稍後因為“追贓”被大順軍拷掠而死。）
李自成安置了崇禎帝夫婦的祭拜之事後，又加封被送交大順軍看管的皇太子朱慈烺為“宋王”，定王朱慈炯為“定安公”、永王朱慈炤為“永平公”，別處安置，派人照看。皇太子也向李自成提出了“不驚我祖宗陵寢、禮葬我父皇母后、不殺戮我百姓”的請求，李自成照例同意。
三月二十三，李自成再次下詔，以天子禮儀改殯崇禎帝夫婦，換紅漆棺木裝殮崇禎帝，黑漆棺木裝殮周皇后，以翼善冠、滲金袍、明黃靴等皇帝服飾改斂崇禎帝，以翟衣、鳳冠改葬周皇后。
三月二十五，李自成下令“以帝禮祭、葬”，預備將崇禎帝及周皇后的靈柩下葬。可當大順禮政府（禮部）官員奉李自成詔命，要為崇禎帝夫婦舉行安葬之禮時，大順禮政尚書鞏焴才愕然發現，崇禎帝在位十七年，居然根本沒來得及給自己修造身後的陵寢，想入土為安也沒地方可埋！
大明自永樂遷都以後的制度，歷代皇帝都需在昌平天壽山皇陵區修建陵寢，當初崇禎帝繼位時，也是按照這個制度，給駕崩的皇兄熹宗皇帝在天壽山皇陵區內選址建陵，歷時五年之久，才修好熹宗的“德陵”。
原本崇禎帝也應在天壽山陵區內，擇吉地為自己建造陵寢，但之前已經說過了：一來皇陵區歷經二百年曆代大明皇帝的不斷入葬，天壽山下已經找不到合適的“上佳吉壤”，作為崇禎帝本人的“陵寢”；二來，崇禎帝即位以來，連年戰亂不休、內外交困，國庫及內府帑銀早就入不敷出、空虛無比，根本沒有多餘的財力為皇帝修建陵寢。
所以，雖然當了十七年的皇帝，執掌天下權柄，可這時候的大明實際上就是個空架子，崇禎帝手頭也窘迫不已，在應付不斷的戰爭和天災時恨不得將皇宮都抵押賣了，哪裡還有餘錢建陵。直到京師失守，崇禎帝在萬歲山上自縊殉國為止，他也從來沒有將建造自己身後陵墓之事付諸實施。
崇禎帝無處可安葬的尷尬事情發生後，鞏焴立即向李自成上奏，請皇帝下旨，趕緊為崇禎帝加緊修造陵寢，安葬前朝皇帝，以安撫天下臣民。
可李自成正忙於派人接收北直隸、山東、河南、隴右、湖廣等地，駐守遼西走廊、山海關邊牆一帶的前明駐軍、官員也需要立即招降、安置；另外，京師中的前明中樞高官、勳臣、外戚等人也要展開“追比、責贓”，收繳贓銀；這些事情，統統需要李自成出面協調、指揮、調派，哪裡還有時間、精力、財力去給前朝皇帝蓋陵墓。
於是，李自成否決了鞏焴提出的給崇禎帝建陵的請求，讓他自主決定，隨便安排一下，找塊空閒之地，將崇禎帝夫婦棺木安葬，也就算了。
鞏焴接受了李自成的詔令後，算是將一個燙手山芋給留在了手裡，無論如何安置崇禎夫婦的靈柩，都不是一個好差事（隨意安葬了，天下人會說其刻薄，隆重安葬了，且不說葬禮費用從哪裡出，李自成都要猜忌懷疑，鞏焴是不是以此收買人心、或者說心懷大明）。
正當鞏焴左右為難之際，有順天府衙門內的知情人向禮政尚書大人奏報：崇禎帝夫婦的靈柩倒是有地方可以安葬，而且葬址也不算潦草失禮，只要落實好發喪的事情，其他的也沒什麼可以擔憂的了；這是怎麼回事呢？
原來，崇禎帝本人雖然沒來得及給自己修陵，但他的貴妃田氏在崇禎十五年（1642年）七月因病去世後，崇禎帝曾工部、順天府、欽天監負責在天壽山陵區內，為田貴妃營建園寢。經過欽天監的尋找、卜測後，工部與順天府回奏崇禎帝，已在天壽山陵區西南隅、大紅門左側的鹿馬山（錦屏山）南麓，世宗、神宗后妃園寢附近，找到了一塊比較好的吉地，可以用作田貴妃的園寢地。
崇禎帝看過地勢圖後，當即允准，可以在此為田貴妃修造園寢。當年，田貴妃的園寢就開工建造。經一年多的修建，崇禎十七年（1644年）正月，園寢的地宮基本上建好，崇禎帝下詔將暫厝他處的田貴妃靈柩於正月二十三葬入其內，隨即封閉地宮入口。
當時，李自成已經從西安出兵東進，準備攻打京師，崇禎帝焦頭爛額，根本顧不上繼續田貴妃園寢的地面建築修建工程，因此田貴妃園寢除了地宮之外，地面上幾乎空無一物。
田貴妃下葬不過兩個月，崇禎帝便自縊殉國了，因為在世時沒有給自己建陵，所以一時間無法下葬。而鞏焴因為要給崇禎帝安排下葬禮儀、卻找不到合適的葬地，當初曾經負責田貴妃安葬事宜的順天府知情人不失時機地向鞏尚書獻計，表示完全可以將崇禎帝夫婦一起安葬到田貴妃的園寢地宮中去，這樣也算是將先帝葬進了天壽山皇陵區，和祖宗們在地下團聚，一舉兩得。
對於這個提議，鞏焴當然沒有任何異議，甚至大喜過望，總算是可以解決這費力不討好的難題了。於是，禮政尚書召來了直屬下屬、大順禮政府主事許作梅，讓他負責聯絡大順朝廷的順天府（其實就是前明順天府歸順而來），拜見順天府官李票（即李紙票、大順政權的成員、非前明官員），以順天府全權負責安葬崇禎帝夫婦之事。
許作梅拿著鞏焴簽發的公文，立即前往順天府，拜見府尹李票，呈遞公文後，按照上官的吩咐，請求順天府落實給崇禎帝發喪、運送靈柩至昌平天壽山下葬的事宜。
而李票得到禮政府下發的這個辦事公文後，心裡是一萬個不願意——此時，大順政權已經開始大規模“追比”在京的前明高階官員、勳臣、外戚，而順天府就是主要的執行者；追贓豈不比安葬一個亡了國的前朝皇帝要有油水得多！
但李票還沒到可以和堂堂禮政尚書去頂牛的地步，對奉鞏焴之命、拿著公文前來請求執行公務的許作梅不敢推搪，但也不想在這“追比”的關鍵時刻撥出大量人手去搞什麼安葬前朝皇帝的不討好差事；於是，李票直接將禮政府的公文下發給負責管理維護天壽山皇陵區的昌平州署，令昌平州官員聽從禮政府主事許作梅的調遣，動用官銀僱傭民夫，開啟田貴妃園寢地宮，葬崇禎帝后梓宮於內；並規定了安葬日期——四月初三發引、初四下葬，毋違時刻。
禮政尚書、順天府尹可以逐級撂挑子，但許作梅官職低微，無法推脫，只得又拿著順天府的行文，趕往昌平州衙尋找當地官員接洽。但京師的動亂已經影響到昌平當地，局勢動盪之下，前明昌平州衙的官員大多棄官而逃，六房屬吏也藏匿走散大半，許作梅抵達昌平州衙後，只有署理昌平州吏目（相當於秘書室代理秘書長）趙一桂一人出面接收了順天府行文。
局勢混亂之下，昌平州官衙內的庫房早就“鈔庫如洗”，一兩公帑都沒留下，根本沒能力承擔給崇禎帝夫婦下葬的重擔。趙一桂如實和許作梅溝通後，立即帶著工房吏員馮朝錦，火速趕到京師，向上官李票稟告了實情，請求順天府撥出專款，用於安葬崇禎帝夫婦。
府尹李票又不是前明的官員，對崇禎帝根本沒有感情，於是不同意撥款，而是向趙一桂出具了蓋有順天府關防大印的批文：“著該州各鋪戶捐挪應用，納捐者酌情抵扣本年兩稅及各餉”，算是回覆。
趙一桂見順天府一毛不拔，只得拿著批文又回到昌平，並貼出告示，在州城內組織民戶募捐，為先帝落實下葬之事。經過幾天的募捐，昌平州內的富戶或鄉紳共計十人應捐，其中劉汝樸等四人捐六十千文、白紳等兩人捐三十千文、趙永健等四人捐二十千文；合計三百五十千文，折官銀大約二百三十三兩六錢。
捐款落實後，三月二十九，趙一桂會同許作梅先期僱傭民夫趕赴天壽山陵區鹿馬山南麓，將田貴妃園寢地宮的封土挖開，經過連續四晝夜的趕工，清理出長十三丈五尺，寬一丈，深三丈五尺的甬道；四月初四清晨，地宮石門完全露出來。
在清理田貴妃園寢地宮的同時，許作梅也趕回了京師，呈文禮政府、順天府，請上官們安排人手，將崇禎帝后的梓宮運送到昌平來，以完成安葬儀式。四月初二晚，崇禎帝與周皇后的梓宮以牛車載運，送抵昌平州鞏華城；四月初三，梓宮被移到城東門外關帝廟記憶體放；王承恩的棺木也隨運而來。
四月初四寅時，在田貴妃園寢工地中的趙一桂先命民夫打開了地宮的兩層石門，然後在園寢前的空地上搭好了祭棚三間、小棚兩間，並預備了素供、豬羊等祭品。
當天申時，崇禎帝后及王承恩的棺木由許作梅監運，抵達田貴妃園寢外，帝后棺木停放於祭棚中，王承恩的棺木另外放在小棚內。趙一桂和許作梅率諸人一起給崇禎帝后的梓宮舉哀致祭，送了崇禎帝最後一程。
隨後，趙一桂和許作梅親自監督民夫，將崇禎帝和周皇后的梓宮送入了地宮內，擺放到地宮後室石床之上。崇禎帝的紅棺放置於石床正中，周皇后的黑棺則放在石床左側，田貴妃的棺木則擺在右側。至此，原屬田貴妃園寢，就成為了崇禎帝的安身之陵了。
梓宮安置好後，趙一桂和許作梅在石床前擺好香案、祭品，點起萬年燈，隨後將兩道石門關閉，甬道也再次回填；王承恩的棺木則埋在了田貴妃園寢的左前方。等到全部安葬工程完成，已是晚上戌時了。許作梅連夜便返回了京師，向禮政府和順天府彙報崇禎帝梓宮的安葬事宜。趙一桂則留在現場，仔細核算崇禎帝安葬祭祀典儀中，所支費用的明細，以便嚮應募的昌平富戶、鄉紳們報賬（也算有始有終）。
對於募捐而來的款項，趙一桂精打細算，一點也沒有浪費（當然也沒結餘），三百五十千文、約合二百三十三兩六錢官銀，其支出明細為：開挖和掩埋甬道的民夫工錢銀二百兩（長十三丈五尺，寬一丈，深三丈五尺的土方全部挖開，然後又埋上，工程量和用工量可想而知）；搭祭棚用工錢、材料錢合四兩五錢；紙札祭品用銀一兩八錢；祭品用豬一口、銀四兩五錢；用羊二隻、銀一兩六錢；素供用二桌、銀一兩；民夫伙食飯銀一兩（菜品即用祭品豬羊即可）；伕役賞錢銀二兩四錢；請石匠開啟關閉地宮門（兼打造拐釘）用銀五錢；運送靈柩槓夫酒飯用銀五兩五錢；買捆紮細繩用銀四錢；香案、供桌木工材料用銀四錢；靈棚拆卸打掃用銀二錢五分；順天府監祭官員飯錢用銀一兩一錢（這是單獨請許作梅用餐的）。
四月初六，趙一桂向昌平城內捐銀的商賈富戶們報賬後，又和他們再赴崇禎帝的陵寢地，為崇禎帝行奠禮，禮畢後，趙一桂找來上百名當地村民，為崇禎帝簡陋的墳塋培土起封（之前田貴妃園寢沒有起太高的封土）；隨後，趙一桂和昌平生員孫繁祉又一人捐銀五兩，買來大批青磚，在封土四周築起了五尺高的磚牆，崇禎帝的身後陵墓這才稍有規制，不至於太過寒酸荒涼。
一個月後，李自成在山海關之戰中慘敗於明將吳三桂和清軍之手，隨即撤出佔據了四十二天的京師，返回西安。清軍在多爾袞的率領下，由遼西走廊開進了京師，成為中原大地新的主人。
為了收買人心、籠絡漢族士大夫和廣大縉紳，多爾袞進駐京師後，下令官民百姓為崇禎帝服喪三日，追諡崇禎帝為“莊烈愍皇帝”，將崇禎帝的陵墓命名為“思陵”，按照帝王儀制為思陵增修地面建築。順治二年（1645年）九月，思陵地面建築初步完成，這是天壽山皇陵區內，修造的第十三座、也最後一座帝陵。
以帝王禮制改建思陵後，清朝再一次開啟思陵地宮，更換了崇禎帝夫婦的棺槨，添置了符合皇帝身份的隨葬品，讓崇禎帝在地下享受到皇帝的體面。
增修思陵地面建築的工錢、材料錢大約是四千兩白銀左右，和其他天壽山下的皇陵相比，這個建陵用度實在是太寒酸了（例如熹宗的德陵，其工程用度超過了百萬兩，而德陵，在天壽山帝陵中，只屬於最低檔次的皇陵儀制）；不過，圉於國家破碎、社稷傾頹，亡國皇帝在身後還能有符合身份的安息之所，也不必苛求什麼了。
四千兩白銀的建陵用度中，一千五百兩是皇陵區內原本的香火田租銀，由清朝收取後，順治帝特別下旨撥付而來；一千五百兩是清軍入駐京師後，前明降清的文武官員、太監捐助而來；而讓人稍感意外的是，剩下的一千兩，是已降清且受封為平西王的前大明寧遠團練總兵、平西伯吳三桂所捐。
清朝入主中原後，對天壽山明皇陵區妥善管理，十三座帝陵均設司香使（守陵太監）二名、陵夫（守陵民戶）八戶，給香火田（房屋、耕地）若干，讓他們照看所負責的帝陵；每年春秋二祭，清朝都會遣太常寺官員到明諸皇陵中祭奠。工部也會在每年的固定時期，派人赴明諸皇陵，檢查各陵的建築、封丘，定期修葺。這些待遇，思陵全都享受。
乾隆五十年（1785年）三月，乾隆帝下詔重修明十三陵已經殘破的地面建築，思陵再一次擴建，陵門、祾恩殿、寶城、明樓等建築全部翻修一新，還加建了圍牆。長眠于思陵寶城封土之下的崇禎帝如果地下有知，其心中的悲愴、怨恨、不甘，稍稍可得寬慰了。