遼東地區納入明朝的版圖是在洪武二十年的時候，和全國的其他地區一樣，明代在遼東地區的統治方式是“都指揮使司——衛——所”的體制，不過和其他地區有所不同的是，遼東地區處於邊關，實行的統治方式帶有濃重的軍事色彩。
朱元璋對遼東割據力量及各部族實行政治招撫與軍事攻伐相結合的策略，征服與統治雙管齊下，務必保證東北邊疆鞏固與發展。朱元璋設定定遼都衛，任命馬雲、葉旺為都指揮使，令其“總轄遼東諸衛軍馬，修築城池，以鎮邊疆”，明軍首先進駐遼河平原東部，設定遼東都司及主要衛所，修築城池，逐漸清除故元勢力。金、復、海、蓋、遼陽、瀋陽等處衛城修繕一新，軍民各安其職。
永樂時期，朱棣則將朱元璋“招徠遠人”的優待政策制度化，設立羈縻衛所，因俗而治。明廷在開原衛、定遼衛附近修築城池，設州治，安頓內撫蒙古、女真等族人口。
遼東衛所屯軍多來自內地，驛站、遞運所軍卒也來自戍遼東的中原人口。遼東設定伊始，衛所制度和屯田制度將遼東人口聚攏在屯堡周圍，有警禦敵，平時耕作。屯田制一度帶動了遼東地區的農業發展，尤其是軍屯保障了軍鎮的糧食供應，人口的繁殖與土地的開墾亦加強了遼東屯堡的防禦能力。漢族軍士是屯田耕作的主體，屯田制度決定了漢文化將成為遼東地區的主流文化。
明朝對遼東地區實行軍屯體系，規定凡是實行軍屯的地方都會同時實行軍戶制，也就是軍士都有明確的軍籍，軍籍和土地是綁在一起的，不可以隨意流動，服役士兵的負擔沉重，於是出現了屯軍逃亡的現象，軍屯制度難以持久。明朝政府只能依靠京師運輸來對遼東地區進行補給，一年所消耗的銀兩足有60萬兩之多。