前後秦在關中地區展開鏖戰，苻登是鐵了心的要和姚萇死磕到底，畢竟姚萇是殺害苻堅的兇手，前期苻登也是比較厲害的打的姚萇節節敗退，後姚萇攻克大界並殺前秦毛後及苻登之苻尚，擒名將數十人，後秦這才扳過一局。
389年9月仇池的楊定發兵攻克隴城、冀城，斬姚常，捉邢奴。姚詳聞訊即棄略陽而逃往陰密，楊定遂自稱秦州牧、隴西王。10月，苻登收集餘兵，退據胡空堡，同時苻登令竇衝、楊定等人一同起兵共同攻打長安。
姚萇派遣他的將軍王破虜到秦州攻佔地方，楊定與王破虜在清水的格奴坂交戰，大敗王破虜。而苻登在鴦泉堡進攻張龍世，姚萇去援救他，苻登率軍退走。姚萇秘密派他的部將任瓫、宗度假裝作內應，派使者招苻登，說要開城門接應他進來。苻登信以為真準備進城，雷惡地識破了姚萇的詭計勸住了苻登。
390年3月，後秦姚萇發兵攻克前秦之新羅堡，前秦扶風太守齊益男逃走。前秦王苻登則是迅速發兵進攻後秦之隴東，390年4月，前秦鎮東將軍魏揭飛自稱大將軍、沖天王隨後進攻後秦安北將軍姚當成於杏城。鎮軍將軍雷惡地也反叛後秦響應，進攻後秦鎮東將軍姚漢。姚萇於是親率精兵討魏揭飛，後秦大獲全勝陣斬魏揭飛及將士萬餘人，雷惡地也戰敗投降了姚萇。
391年3月，苻登親率精兵進佔涇水口戰略要衝範氏堡，強渡渭河，進據曲牢。4月苻登秘密聯絡後秦長安外圍守將苟曜為內應，搶佔馬頭原，進逼長安。看前秦逼近長安後秦急遣右將軍吳忠率軍出城迎戰，隨後吳忠站戰敗被殺，餘部潰退，逃歸長安。隨後姚萇收眾再戰，苻登終因寡不敵眾，給養不足，被迫撤退。
苻登撤退後後秦抽軍北上爭奪新平，苻登守將強金槌兵敗投降，強金槌投降後姚萇想去強金槌大營看看部下都勸不要去姚萇鐵了心的要去，一到強金槌大營這個士兵們都想殺掉姚萇在強金槌的阻擋下才得以倖免。391年7月苻登又率軍圍攻安定城，姚萇率軍北上援救，苻登退去。
12月苻登再一次攻打安定，姚萇至陰密迎戰，上面咱們說到苻登勾結後秦苟曜圖謀長安，苟曜的事很快就被姚萇發現了，這次姚萇北上作戰走之前對兒子姚興說，苟曜不是個好人以後可能壞事這次我北上苟曜知道了如果他來長安你就殺掉他。再說這個苟曜知道姚萇離開長安後，以為姚萇不在長安自己就可以幹大事了於是就來長安見姚興了，苟曜剛到長安就被姚興殺了。
姚萇在安定又一次打敗了苻登，總之雙方鏖戰幾年，在前秦的時候也介紹過這對冤家的趣事。392年7月，苻登聞姚萇患病隨即率兵進逼安定。8月，姚萇帶病出拒並派人襲擊苻登行營，苻登被迫退兵。苻登退還雍城，姚萇亦還安定。
393年5月前秦竇衝反叛前秦，自稱秦王。7月苻登在野人堡進攻竇衝，竇衝不敵苻登於是向後秦求助，後秦的謀臣尹緯建議姚萇派姚興前往，以使太子有個能實際參加戰鬥的機會，增加太子的能力。在戰鬥中姚興不負眾望打的苻登節節敗退，後勤大獲全勝。
393年10月姚萇病情加重，12月，姚萇召太尉姚旻、尚書左僕射尹緯、右僕射姚晃、將軍姚大目、尚書狄伯支入宮，受遺詔輔政。394年1月姚萇病死，其子姚興繼位！