388年6月乞伏國仁去世其弟乞伏乾歸繼位。
史書記載乞伏乾歸雄武英俊，深沉雅正有度量 。乞伏國仁建立西秦後任命乞伏乾歸為上將軍。乞伏乾歸繼位後前秦高帝苻登派使者暫任乞伏乾歸為大將軍、大單于、金城王。
乞伏乾歸繼位後西秦邊境有兩個部落威脅著後秦，休官阿敦、侯年二部各自擁有五千多兵馬盤據在牽屯山，乞伏乾歸當然不能容忍這樣的威脅於是乞伏乾歸派軍打敗了這兩個部落，於是乞伏乾歸的名聲大震鄰國。於是鮮叱豆渾部以及南丘鹿結和休官曷呼奴、盧水尉地跋等全都率領人馬投降乞伏乾歸，乞伏乾歸給他們暫任官職爵位。
390年隴西太守越質詰歸佔據平襄反叛，自稱建國將軍、右賢王。391年乞伏乾歸將越質詰歸打敗，越質詰歸往東逃到隴山。不久，越質詰歸帶領兵馬來投降，乞伏乾歸把宗族之女嫁給他為妻，暫任立義將軍。
391年7月沒弈幹把他的兩個兒子當人質送到乞伏乾歸處，請求他發兵共同襲擊鮮卑部落的首領大兜。乞伏乾歸和沒弈幹一起進攻大兜所據守的鳴蟬堡，隨後大兜退守鳴蟬堡，乞伏乾歸攻陷了鳴蟬堡，乞伏乾歸收編了大兜的部眾班師回朝，並且把沒弈乾的兩個兒子送了回去。
沒弈乾和乞伏乾歸這兩人由於利益分配不均，沒弈幹不久就反叛了乞伏乾歸，又向東與劉衛辰聯合起來攻打乞伏乾歸。8月，乞伏乾歸率領一萬騎兵討伐沒弈幹，沒弈幹逃跑並被乞伏乾歸用射傷眼睛。
392年乞伏乾歸唆使彭奚念出兵襲取呂光所轄湟水北岸戰略重鎮白土津。392年8月，後涼呂光遣呂寶等向東攻打西秦的金城，結果就是呂寶遭乞伏幹歸反擊大敗，呂寶後退駐在青岸。隨後呂寶向前繼續追擊乞伏乾歸，乞伏乾歸派其將領彭奚念截斷呂寶的歸路，自己親自上陣攻打呂寶，結果就是呂寶和將士們有一萬多人戰死。呂光又派其子呂纂率步騎兵五千南下攻彭奚念激戰於盤夷，呂纂又大敗而歸。
394年苻登派使者暫任乞伏乾歸假黃鉞、大都督隴右河西諸軍事、左丞相、大將軍、河南王，兼領秦梁益涼沙五州牧，加九錫之禮。6月，苻登被後秦姚興攻打，苻登派使者來請求救兵，並進封乞伏乾歸為梁王，命令他設定百官，娶苻登的妹妹東平長公主為梁王后。隨後乞伏乾歸派遣前將軍乞伏益州、冠軍將軍翟瑥率領二萬騎兵前去救援。7月，苻登被姚興所殺，西秦軍返回。
394年10月，苻登之子苻崇被乞伏乾歸驅逐，逃到楊定那裡。楊定率領二萬人與苻崇共攻乞伏乾歸。乞伏乾歸派遣涼州牧乞伏軻殫、秦州牧乞伏益州、立義將軍詰歸抵抗楊定。楊定先勝後敗，後楊定及苻崇被西秦斬殺。於是西秦就佔據了隴西、巴西的全部地方。
楊定死後天水人姜乳襲擊並佔據上邽，時候乞伏乾歸就想派乞伏益州去討伐姜乳，乞伏乾歸的部下就說了乞伏益州這個人仗著是大王您的弟弟，還有戰功現在很是傲慢這次就不要派他去了。乞伏乾歸沒有聽從還是派了乞伏益州去討伐姜乳。
乞伏益州大軍到了大寒嶺，乞伏益州仗著強大傲慢自大，不布佇列陣，命令將士們解下甲衣出遊打獵，縱酒狂歡。姜乳看西秦軍這個鳥樣子就率領軍隊抵抗，隨後就打敗了乞伏益州。395年西秦遷都西城。
西秦在打敗後涼呂寶後，395年7月後涼呂光遂親率大軍討伐乞伏乾歸和彭奚念，呂光屯重兵於左南。此戰，呂光吸取上次呂寶失敗的教訓，改變進攻方向出奇不意，攻敵不備，取得大勝。乞伏乾歸當然知道這次呂光是動真格了，在說呂光名震西域也不是吹的，於是乞伏乾歸向後涼稱臣，並以子乞伏敕勃為人質。但是沒多久對乞伏乾歸就後悔向後涼稱臣了。
396年乞伏軻殫和乞伏益州不和，投奔呂光。呂光知道了乞伏乾歸的真實想法後就對部下說乞伏乾歸就是一個反覆無常的小人，決定要出兵攻打乞伏乾歸。於是呂光又帶兵攻打乞伏乾歸，大家都勸乞伏乾歸往東逃到成紀，這次乞伏乾歸不同意了他認為自己這次可以打敗後涼。
397年呂呂光率軍駐紮長最，派他兒子呂纂攻打金城。乞伏乾歸率軍救援，乞伏乾歸大軍還沒到呂纂等已攻克金城，擒金城太守衛健。隨後呂光派王寶、徐炅率軍五千向乞伏乾歸挑戰，以阻滯秦軍行動，同時又派梁恭、金石生率軍出陽武下峽，與秦州刺史沒弈幹攻西秦的東邊，天水公呂延率枹罕之眾攻臨洮、武始、河關等地。
看後涼這次來勢兇猛乞伏乾歸大驚，哭嘆對將士說這次不拼命大家都玩完，同時還派人散播謠言說乞伏乾歸已經跑了，呂延信以為真率輕騎追擊乞伏乾歸，隨後呂延就被乞伏乾歸斬殺。
398年南涼禿髮烏孤派使者來和親。同年，乞伏乾歸派乞伏益州攻克了支陽、鸇武、允吾三城，並俘獲了萬餘人而回。399年4月，鮮卑族疊掘部落的首領河內率領五千戶從北魏投降乞伏乾歸 。
400年乞伏乾歸遷都苑川，可不曾想到的是遷都苑川后有人就非常不高興認為西秦遷都將會威脅到自己，這就是後秦的姚興，隨後姚興就派軍來攻打西秦，西秦第一次亡國也要來臨！