1398年，70歲的朱元璋駕崩，因太子朱標早於朱元璋去世，帝位傳給了朱標的次子朱允炆（朱標長子也早逝），是為建文帝。雖然建文帝頗有思想，有心將“洪武”向“建文”轉變。然而燕王朱棣早有野心，他於建文元年（1399年）以“清君側之惡”的名義舉兵反抗朝廷，至建文四年，朱棣攻入南京，當其軍隊入得皇宮時，已是一片火海，建文帝下落不明。此後，有關建文帝已經出逃的傳聞頗多，朱棣對此總是不放心，這件事也幾乎成為他的一塊心病，在位期間多次派人到全國寺廟中查訪，朱棣曾向天下寺院頒佈《僧道度牒疏》，將所有僧人名冊重新整理，對僧人進行了一次全方位的調查。從永樂五年（公元1407年）起，還派人以尋訪仙人張邋遢為名到處查詢，涉及大江南北，前後共20餘年。甚至鄭和下西洋也有可能與查詢建文帝有關。數百年來，建文帝的下落也是一樁爭訟不決的歷史懸案。綜合各家說法，主要有“焚死”說和“逃亡”說兩種。
一種說法認為建文帝是自焚而死的。據永樂年間修撰的《明太祖實錄》中記載，燕王朱棣發動“靖難之役”，經過四年的征戰，燕王獲得全勝，建文四年（公元1402年）6月13日，燕王統領大軍開進南京金川門。當燕王軍隊進入皇宮時，宮中已是一片火海，建文帝也沒了蹤影。與此同時，建文帝所使用的寶璽也毫無蹤影。正史記載建文帝死於宮中的大火中。《太宗實錄》卷九記載：“上（即明成祖朱棣）望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及。中使出其屍於火中，還白上，上哭曰：‘果然，若是痴耶！吾來為扶翼不為善，不意不諒而遽至此乎！’……壬申，備禮葬建文君，遣官致祭，輟朝三日。”仁宗朱高熾御製長陵後碑也說，建文帝歿後，成祖備以天子禮儀殮葬。成祖後來在給朝鮮國王的詔書中說：沒想到建文帝在奸臣的威逼下縱火自殺。但是，太監在火後餘燼中多次查詢，只找到馬皇后與太子朱文奎的遺骸，建文帝是活是亡無從得知。燕王為讓天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其墳墓在什麼地方，無人可知。明末崇禎帝就曾說過：想給建文帝上墳，卻不知在何處。
另一種說法是在南京攻破之時，建文帝曾想自殺，但在其親信說服下，削髮為僧，從地道逃出了皇宮，隱姓埋名，浪跡江湖。明成祖死後，他又回到京城，死後葬於京郊西山。
民間傳言中，在許多地方都有建文帝的蹤跡與傳說。有的說建文帝先逃到雲貴地區，後來又輾轉到了南洋一帶，直到現在，雲南大理仍有人以惠帝（建文帝）為鼻祖。也有現代學者認為，當年建文帝潛逃後，曾藏於江蘇吳縣黿山普濟寺內，接著隱匿於穹窿山皇駕庵，於永樂二十一年（公元1423年）在此病亡，埋於庵後小山坡上。
最近，又有人提出了建文帝逃出後的兩種去向，並都給出了相關證據。
據鄭敏娟《李聞舉薦引建文帝隱蹕寧遠下灌考略》認為，建文帝在朱棣大軍即將攻入皇宮前，由神樂觀主管，兼任膳夫的大臣李聞舉協助其逃出了京城。最後輾轉到了李聞舉的老家湖南九疑山的下灌村的龍回寺（龍池寺）。證據源於《李氏族譜》中的有關記載。從族譜中《聞舉公傳》及《聞舉公序傳》知：聞舉公，洪武元年（1368年）生，為復曾祖被瑤賊所戕之仇，幼時隨母去金陵見明太祖。太祖奇之，賜鄉舉仕進。建文間特賜進士，擢太廟齋郎。建文四年，職兼膳夫之任。 永樂篡立，致仕而歸，並亨屯出險，成功解救建文帝。後在建文帝流亡政府立朝數年，永樂八年（1410年）卒。裡面清楚地記錄著李聞舉解救建文帝出來並建立流亡政府。但是建文帝死後又葬於何處呢？
南京大學教授明史研究專家潘群考證，福建寧德市上金貝村古墓為建文帝墓。建文帝死前流落於寧德金邶寺。潘群教授考證的主要依據有兩點，一是寧德支提寺的明代袈裟，該袈裟繡有九條龍，龍圖在明朝只有皇帝敢用，這件袈裟應是曾做過和尚的元太祖朱元璋之物，建文帝出逃時匆忙披上這件袈裟假扮和尚逃走。其二是墓及裝飾。該墓的前面兩邊各有一條閉嘴龍。這是明代墓的標誌。墓塔下有蓮花座撐起，這跟和尚有關。墓的規格不是一般百姓甚至普通官員的。此外，墓的朝向為座正北朝正南，只有皇帝才能取這個方位。墓所在的村中有鄭姓人氏，疑是跟建文帝一起逃出的大臣翰林待詔鄭洽的後裔，如果有證據證實這點，則建文帝逃出宮後在寧德金邶寺終老就塵埃落定了。意味著建文帝生死600年懸案終歸水落石出。
儘管每一種說法都有其道理，但要真正解開這個謎底，還需要鐵證。
福建寧德市上金貝村古墓