清朝有八大總督，即直隸總督、兩江總督、湖廣總督、兩廣總督、陝甘總督、四川總督、閩浙總督、雲貴總督（東三省建省後又設了東三省總督）。這八大總督因手握兵權，都是權傾朝野的封疆大吏，不過雲貴總督卻比較特殊，是因為平西王吳三桂的存在。
我們都知道，吳三桂本為明將，守著山海關，卻投降清朝，將山海關拱手讓給清軍，成為清朝入主中原的大功臣。之後，吳三桂又十分賣力地幫助清朝剿滅南明抗清勢力，清廷封他為平西大將軍，令其剿滅南明永曆帝朱由榔。吳三桂攻下雲南後，為了能讓他盡心辦事，清廷將雲南給了他。吳三桂果然十分賣力，於1661年殺掉永曆帝，為清廷除去了心腹大患。吳三桂功勞不小，清廷將他的平西王爵位晉升為親王級，預設他守雲南兼管貴州。
順治十年（1653年），清朝設雲貴總督，駐昆明，管轄雲南、貴州兩省。雲貴總督轄區地處雲貴高原，環境惡劣，人口複雜，事務繁雜，還要肩負治理內亂和防守邊疆的重任，同時還要兼顧部分藏區事務，可以說是最累、最不好乾的總督了，比較出名一點兒的雲貴總督有趙良棟、鄂爾泰、尹繼善、福康安、鄧廷楨、林則徐等等。第一任雲貴總督是洪承疇，當了五年，同時還兼管湖廣和兩廣共六省。實際上，當時吳三桂手握兵權，雲貴的事還是他說了算。
兔死狗烹，亙古不變，吳三桂殺了永曆帝后，對清廷來說，他的利用價值已經所剩無幾，剩下的就是麻煩了，清廷很快就撤去了吳三桂的平西大將軍職務。康熙時，又撤銷了雲貴總督，分設雲南總督和貴州總督，聽命於朝廷，以此來削弱吳三桂。吳三桂雖然還有王爵，但已經被剝奪了地方治權。
吳三桂有云貴兵權，總督還是得聽他的，畢竟山高皇帝遠，遠水解不了近渴，誰的拳頭大，聽誰的。清廷只好雲南和貴州又合二為一，重設雲貴總督。吳三桂逼著朝廷將雲貴總督遷至貴陽府，遠離昆明，這樣雲貴總督就無法制約他了。見招拆招，1673年，康熙又單設了雲南總督，總不能讓雲南總督再去別的地方了吧。
吳三桂被逼到牆角，無路可退了，就聯合耿精忠、尚可喜發動了三藩之亂。一時間三藩勢如破竹，打了清廷一個措手不及。不過等清廷緩過勁來，最終還是用了八年時間將其平定。平定三藩之亂後，雲貴總督於1683年遷回昆明，與巡撫同城。
這是康熙帝的刻意安排，就是為了讓雲貴總督和雲南巡撫互相監視、牽制，避免再出現吳三桂類似的情況。與此類似的還有閩浙總督、兩廣總督、湖廣總督，都是總督與巡撫同城。