肛瘻和人體其它部位的感染不同，它不能自愈，進一步講，透過藥物治療也不能治癒，手術是目前唯一的治癒途徑。
肛瘻有間歇期和發作期，間歇期時沒有症狀，這個時候也不需要用藥，發作期時出現流膿、紅腫、疼痛等症狀，這時如果沒有條件手術，可以先用藥物進行控制。藥物治療的目的是抗菌消炎，炎症得到控制以後，又可以暫時恢復到間歇期，但肛瘻並沒有好，仍然需要擇期手術。
手術的方式有很多種，一般要視病情的輕重而定。因為肛瘻有根，這個根就是位於肛門和直腸交界處的內口，如果把肛瘻比喻成一棵樹，那樹根就是內口，樹枝是瘻管，藥物治療只能解決樹枝的感染，樹根的感染是真正的危害而沒有觸及，所以就需要手術來解決。
肛瘻是一種封閉的感染，手術就是要打破這種封閉，所以肛瘻手術的原則就是兩個字“敞開”。對於低位肛瘻，直接把瘻管切開就好了，用一根探針從肛瘻的外口探入，從內口探出，然後沿著探針切開瘻管和內口，這樣手術就結束了。手術成功的關鍵是探針一定要準確的，探入到瘻道和內口，如果出現了偏離，說明沒有準確的切到病根上，那手術就會失敗，肛瘻就會復發。
對於高位肛瘻一般會採取掛線治療，掛線術是目前國內外治療高位肛瘻的最主要的方法，這個線是代替刀對瘻管進行切割，當然這種線是慢性切割，在切斷肛瘻管壁的同時，造成切斷兩端的炎症性粘連，防止回縮，可以適當起到保護肛門功能的作用，但疼痛會比較明顯，而且還需要二次緊線，療程相對較長。對於有多根瘻管的複雜肛瘻，無論是直接切開還是掛線，都會對肛門造成巨大創傷和功能的下降，這時可以採取主瘻管和內口切開或者掛線，而支管進行曠置，處理好瘻管間的引流通暢，這樣既能把肛瘻治癒，又能把創傷降低，防止術後肛門的失禁。
無論是何種手術方法，術後的換藥是必須的，而且是重要的，換藥包括清洗、消毒、上藥、引流等環節，需要由專科醫生或護士來操作，一直到創口癒合。