以《聖經》故事為藍本創作的《最後的晚餐》是達·芬奇的重要作品，無疑也是美術史、藝術史上的重要作品，它的藝術價值當然也是難以估量的。先說一個小插曲（有可能是編的），達·芬奇在創作這幅重要的作品時，所在修道院的一個副院長經常過來看畫作的完成進度——這幅畫達·芬奇畫得很慢（前後用了四年時間）。眾所周知，藝術家往往是很不喜歡別人干擾自己的創作的，所以達·芬奇就找了一次機會對這位修道院副院長說，“其實吧，我對這幅畫上的幾乎所有人物的容貌都已經構思好了，可就是還確定不了猶大該是一個什麼形象，我突然覺得您的樣子給了我靈感，要不您以後就經常過來，我按照您的樣子把猶大畫出來吧”，這一番話說出來之後，這位副院長果然迅速消失而且再也沒有來看達·芬奇這幅畫作的完成進度了。
上面說了，這幅畫達·芬奇畫得很慢（是真的很慢，難怪人家不耐煩過來看看你老兄到底在幹嘛），這裡舉一個同時代的例子來進一步說明。同樣著名的米開朗基羅為西斯廷大教堂的穹頂畫了同樣偉大的《創世紀》，這幅畫的難度是要明顯大於《最後的晚餐》的，米開朗基羅幾乎要每天躺在高高的腳手架上，向上作畫，而且《創世紀》的幅面也要遠遠大於《最後的晚餐》，畫面的細節程度也同樣很高，而這幅畫米開朗基羅也只不過用了五年時間。
關於《最後的晚餐》的遺憾，來自於達·芬奇本人對於畫法的創新。他在創作這幅偉大的作品時，沒有選擇當時傳統的也是成熟的壁畫創作技法——“溼壁畫”。“溼壁畫”畫法是指在牆壁新漿（我們北方叫“大白”，不知其他地方管這個塗在牆上的溼漿叫什麼）未乾時，就用顏色進行創作，等牆面乾透後顏料可以牢固地附著在牆面上，畫作可以儲存很多年而無變化。達·芬奇當時採用了一種“創新”的方法——用蛋彩和油彩直接在乾燥的牆面上進行創作。結果，顏料在畫作完成之後不久就開始陸續發黴、開裂和剝落，這導致《最後的早餐》在完成後還不到一個世紀，就基本上“完全報廢”了。
1796年，拿破崙的軍隊佔領了米蘭城，修道院變成了兵營，大兵們閒來無聊常常用石塊投擲壁畫，對畫作又造成了嚴重的破壞。19世紀，修復者們使用酒精和脫脂棉為壁畫進行“清洗”，結果弄巧成拙，反而剝落了更多的上層的油彩。事實上，《最後的晚餐》是藝術史上最難修復的作品，現代的修復專家經過了20多年的努力，還是不得不接受這幅畫至少已經有80%以上的色彩已經永遠地消失了。即便如此，今天如果想要一睹這幅遠不是它被創作出來時的樣子的偉大的作品依然不是一件容易的事情，你可能需要提前數週甚至數月就得預定，或者被“綁架”參加市內一日遊，還得提前來取票，按照一個規定好的時間進入參觀（過時不候），而且一次只能進入25人，最長可以逗留15分鐘。
達·芬奇本人在除了繪畫之外涉獵廣泛且成就斐然（好像是外星人一樣牛逼），所以他存世的畫作並不多（各種學科的手稿多到至今也沒法兒完整地整理出版），且基本都是小幅的作品——最為著名的《蒙娜麗莎》。所以，他唯一的大幅壁畫《最後的晚餐》成為了現在這個樣子實在是一個讓人無奈嘆息的遺憾。