南海神尼就是阿朱。
阿朱將死之際，被李秋水之妹李云溪冰封住心脈，後又以不老長春泉水相救，收在門下。只是當阿朱徹底恢復時，蕭峰、阿紫已經自盡身亡，母親阮星竹為慕容復所殺，而慕容復也變成了一個瘋子。
阿朱本已了無生念，但師父李云溪告訴她，蕭峰生前所造殺孽太多，她此生多行善事，才能保佑蕭峰來世免受業力纏身。於是阿朱在普陀山落髮為尼，濟世救人，漸漸有南海神尼之名傳世。
當日在小鏡湖，雷電交加，暴雨如注，蕭峰怒憤填膺之下，全力發出一掌，擊得眼前的“段正淳”內臟破碎，而後才猛然發現此人竟是阿朱所扮。蕭峰心知自己全力出手之下，連薛神醫都無法救回阿朱性命，不禁抱著阿朱從早到晚，心中悔恨交加，幾乎要追隨阿朱於地下。
所幸阿朱臨終前的一番話，讓蕭峰明白，阿朱代替段正淳應約，並非是對段正淳有多深的感情，而是因為她見識過段譽的“六脈神劍”，知道連蕭峰都不一定能夠應對，所以才以自己一死，來使蕭峰放棄復仇之念。而為了防止蕭峰愧疚之下自盡，阿朱還故意將阿紫託了他。
當時，蕭峰因為錯殺阿朱，心神激盪，後來又有阮星竹、秦紅棉、阿紫等人出現，情勢混亂，是以蕭峰沒有發現，就在阿朱斷氣之前，一道無比冰寒的真氣，無聲無息地進入了她的體內。於是，蕭峰便把阿朱埋葬，開始繼續尋找大惡人的蹤跡。
蕭峰、阿紫等人離開後不久，一個白衣女子出現在阿朱墓前，她看起來和阿朱一般年紀，卻有一種閱盡世事的自在從容。只見她衣袖輕揮，纖手微抬數下，阿朱的墓已然裂開，“屍身”從墓中緩緩飛出，飛到一丈許高，就如有什麼無形的東西托住一般，在空中定住不動。
白衣女子秀眉微蹙，似是對阿朱滿身汙泥甚是不滿，便伸出右手向小鏡湖方向一召，一股成人手臂粗細的湖水便被吸了過來，朝著半空中的阿朱灑去，直到將阿朱全身上下衝洗乾淨，才消失不見。緊接著，白衣女子左掌擊出一股熾熱的掌風，不一會兒便將阿朱身上的水分蒸發得一滴不剩。看到阿朱變得潔淨如初，白衣女子才滿意地點了點頭，將她抱在懷中，飄然而去。
白衣女子抱著阿朱，看似腳步輕緩，但卻是迅疾非常。她一路不走官道，只管翻山越嶺，遇水則凌波而渡，只用了一日功夫，便來到了五千裡外的無量山。在不老長春谷外，有人看到白衣女子，好心提醒她谷中不老泉水不可輕飲，否則出谷後容顏會迅速衰老，不可逆轉，白衣女子對這份善意，報之一個春風般的微笑，便抱著阿朱進了山谷。
白衣女子沿著泉水前行，直到了一個僻靜的所在，才把懷中的阿朱放於泉水之中，自己也跳入其中，用雙掌抵在阿朱後背，以一種神奇的功法，將不老泉水的精華輸入阿朱的身體，並引導著她體內的真氣和泉水精華，緩緩修復阿朱破碎不堪的五臟六腑。
原來，這白衣女子正是逍遙子的第四個徒弟，李秋水的孿生妹妹李云溪。當初，李云溪不顯山不露水，卻心存大道，央求逍遙子將“不老長春功”、“小無相功”和“北冥神功”一併相授。此後數十年，李云溪先後渡過身劫、情劫，只消渡過最後一關雷劫，便可破碎虛空，自在逍遙。
（欲知李云溪學會三大神功，渡過身劫、情劫、雷劫，破碎虛空的故事，請移步評論區，點選連結閱讀。）
李云溪為渡過最後一劫，四處尋找機緣，前一日蘇州雷電交加，她便在穹窿山最高處觀察雷電，誰知雷聲隆隆之中，竟讓她聽到一聲痛苦悔恨之極的長嘯，與雷聲隱隱相應，顯然是有人的武學造詣，無意中達到了天人交感的境界。李云溪好奇之下，便飛身來到小鏡湖，然後就看到了蕭峰抱著阿朱痛苦的一幕。
以阿朱當時的狀況，就連號稱“閻王敵”的薛慕華，也定然是束手無策，但李云溪此時功參造化，距破碎虛空也只是一步之遙，她心念一動，便隨手發出一道冰寒至極的真氣，將阿朱的內腑全部冰封。由於此時已是歲末，天氣寒冷，又兼之大雨滂沱，所以就連蕭峰都沒發現，阿朱的身體比天氣還要寒冷，但尚存一線生機。
李云溪沒有現身，而是在暗中出手相救，是因為她感覺這位痛哭的男子，有無數業力纏身，日後定然還有無窮麻煩。李云溪救下阿朱，是想為自己在世間留下一個傳人。但與此同時，她並不想惹下太多因果業力，妨害大道。
由於阿朱受傷實在太重，所以李云溪在不老泉中為她運功療傷足足七日，才使她恢復了一絲意識。又過了七七四十九日，阿朱的內腑傷勢才好了三成，她也才開始能夠按照李云溪傳授的功法，自行運功療傷。
阿朱剛清醒過來時，心神也頗為激動，無論如何都要去找她的蕭大哥。李云溪告訴她，此時蕭峰並無大礙，正按照她“臨終”時的吩咐，好好照顧阿紫。而阿朱此時身體剛恢復了一些，不老長春功尚未大成，莫說不能憑自己之力去找蕭峰，就算自己帶她出去，也會在轉瞬之間，紅顏老去，這才勸得阿朱安定下來。
李云溪有心讓阿朱接受自己的衣缽，便把“小無相功”、“北冥神功”、“天山六陽掌”、“天山折梅手”等神功絕學，一併傳授給了她，並叮囑她如無心大道，便不可輕易修煉“小無相功”和“北冥神功”。只需修煉“不老長春功”大成，便足以笑傲江湖。
阿朱為了早日出谷見蕭峰，日日勤練不輟，但由於她天資並非絕頂，此前又受了嚴重的內傷，是以整整修煉了七年，才練得一身不老長春功真氣穩固無比，不再需要不老泉水，出谷也不再受到限制。於是，她急忙拜別李云溪，出谷尋找她的蕭大哥去了。
誰知谷中七年，世事已經滄海桑田。五年前在雁門關，蕭峰為了宋遼軍民，不惜挾持遼皇耶律洪基，逼迫他立下永不攻宋的誓言，此後因為忠義難兩全，以狼牙箭插腹自盡。隨後，妹妹阿紫抱著蕭峰的屍體，跌落萬丈懸崖。而在此前，母親阮星竹已被喪心病狂的慕容復殺死。
阿朱有心去找慕容復報仇，然後自盡。但當初風度翩翩的青年俊傑，現在已經變成了一個痴痴傻傻的瘋子，往日的姐妹阿碧一臉憔悴，日日陪著他演著君臣大戲。阿朱見到慕容復現在這般，也沒有心思再報殺母之仇了。
當阿朱再度來到雁門關亂石谷，準備追隨蕭峰而去時，發現師父李云溪已經在那裡等她。李云溪告訴阿朱，若一心求死，自然一了百了，但她當日看到蕭峰，發現他有無數業力纏身，就算經過數次輪迴，也不一定能夠安穩幸福。但如果有人能為他多行善事，日日禱告，或可能將他的業力消除一二。所以阿朱如果真的為了蕭峰好，就要努力活下去。
阿朱對自己這位神仙一般的師父，幾乎是全身心的相信，很快便不再有求死之心，而是如李云溪所說，日日為蕭峰積德行善。如此十四年過去，阿朱功力日深，但其心不在大道。而她的師父李云溪卻終於等到功德圓滿，在廣州火爐山渡過雷劫，破空而去。
由於阿朱修煉了“不老長春功”，身材容貌仍停留在青春少艾的年紀，如此行走江湖，不免惹來無數狂蜂爛蝶。阿朱的武功，已漸漸臻入世間絕頂之境，自然不怕這些，卻也不免麻煩，於是她便在普陀山落髮，遁入空門。
阿朱為了蕭峰，經常有濟世救人之舉，再加上她在觀世音的道場出家，於是便漸漸有了“南海觀音”、“南海神尼”這樣的綽號。後來更有好事者，把這位容貌美麗、武功高強的尼姑，寫成了話本小說，不過因為文筆一般，並沒有得到廣泛流傳。
很多年之後，桃花島住黃藥師的妻子馮蘅懷了黃蓉之後，黃藥師購來一批小說話本，供她解悶之用，這本滯銷的“南海神尼”的小說，被書商當作添頭，放在了其中。
黃藥師並不喜歡話本小說，購來之後根本沒有瞧上一眼，反倒是黃蓉很小的小時候，曾經翻過幾頁“南海神尼”，但也沒留下什麼印象。不過“南海神尼”這個名字，到底存入了她的記憶之中，所以在小龍女留書跳崖之後，黃蓉情急智生，才把“南海神尼”的傳說脫口而出，騙得楊過。
其實，在黃蓉提起時，阿朱這位真正的“南海神尼”，早已經不在人世了。