專案管理的兩個層次是指任何企業在專案管理的應用過程中都會涉及的兩個層面的專案管理問題，即企業層次的專案管理和專案層次的專案管理。
１。企業層次的專案管理
在新的商業環境下，企業為了生存和發展，應對快速變化所帶來的挑戰，越來越多地引入專案管理的思想和方法，將企業中的各種任務按專案進行管理。企業除了對傳統的專案型任務實行專案管理，還將一些運作型的業務實行專案管理。隨著企業中“專案化”的工作越來越多，企業每天面對的不僅僅是幾個專案，而是成百上千個不斷髮生變化的專案。在多專案並存、快速變化和資源有限的環境下，企業需要從戰略層面，站在高層管理者的角度考慮如何有效地對企業中的各項任務實行專案管理，如何從企業層面創造和保持一種使企業各項任務都能有效實施專案管理的企業組織環境和業務平臺。因此，企業層次的專案管理，即企業專案管理的主導思想是按專案進行管理。
企業層面的專案管理關心的是企業所有專案目標的實現。一個企業在同一時間內可能會有很多專案需要完成，如何經濟、高效地管理好眾多的專案是企業層面專案管理的核心問題。為了一些經濟方面的原因和最有效地使用資源，企業層面的專案管理常常採用多專案管理的方法，即一個專案經理同時管理多個專案。
企業專案管理的重點是企業專案管理體系的建立，主要涉及企業專案管理組織架構、企業專案管理制度體系、企業專案的投資與立項程式、專案經理的培養與職業化發展等，其成果是企業專案管理的執行指南，這是企業專案管理的綱領性檔案。
２。專案層次的專案管理
專案層次的專案管理指單一專案管理的範疇。隨著專案管理的快速發展，現代專案管理與傳統專案管理相比，其範疇越來越廣，表現在現代專案管理的應用範圍已不再侷限於傳統的建築、國防和工程等領域，而是擴充套件到各種領域、各種專案。現代專案管理理論認為，所有一次性、獨特性和具有不確定性的任務都屬於專案的範疇。此外，現代專案管理形成了系統的知識體系，不僅很多國家已經推出了本國的知識體系，同時隨著專案管理國際化的發展，全球範圍內互認的具有普遍意義的專案管理知識體系也正在研究發展中。
因此，專案層次的專案管理關注的重點是單個專案的工作流程和單個專案的成功，強調如何透過計劃、安排與控制等管理活動實現專案的目標，使專案利益相關者滿意。
專案層次的專案管理的重點是建立專案管理的操作手冊，其主要涉及專案操作流程體系的設計、專案管理標準模板建立、專案管理方法工具的應用、專案團隊的管理與考核。專案管理操作手冊是專案經理和專案管理人員實施專案的業務操作指南，反映專案執行過程的方方面面，透過各種流程與表格予以體現。
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