Cytoscape軟體可用於繪製蛋白互作網路圖等，其安裝及使用的主要步驟如下：
一、安裝JRE
Cytoscape依賴於JRE，所以安裝Cytoscape之前，還得先下載安裝JRE，否則會報錯。
JRE的下載地址是https：//www。oracle。com/java/technologies/javase-jre8-downloads。html
根據自己電腦的系統，選擇對應的安裝程式，如果Windows 64位則選擇jre-8u241-windows-x64
二、下載Cytoscape
直接從官網下載就可以了（https：//cytoscape。org/download。html）。但由於這是境外網站，下載速度可能慢，掛個梯子速度就很快了。
沒有梯子的同學可以使用百度網盤離線下載。
三、使用STRING製作蛋白互作網路圖(PPI)
首先安裝STRING APP：點選Apps→App Manager
在App Manager中搜索string並安裝。
由於Cytoscape的伺服器在海外，所以使用STRING時會卡住，一直在Getting annotations
透過設定代理可以解決這個問題。
點選Edit→Preferences→Proxy Settings
在Proxy Settings中，根據你使用的科學上網工具來設定。以Lantern為例，連線選擇http
代理伺服器填入127。0。0。1
埠輸入8787
注意埠輸入完之後顯示會變成科學計數法，但不影響使用。
點選OK，就可以快速地使用String App的功能了。
