當年1901年9月19日慈禧太后和光緒帝一行緊接著來到龍門，遊覽了龍門湧珠泉、賓陽洞等。根據法國友人提供的清末時期的龍門照片，龍門石窟經過千年的自然浸蝕和人為損壞，早已面目全非，雖經文悌簡單的整修，仍然荒蕪寂寥，盧舍那大佛臉面有一條深痕，佛前的那些臺階也大都高低不平。直到20世紀70年代以後，幾經整修才方便遊客的參觀。後來經過集中整治，2000年11月30日，洛陽龍門石窟被國際教科文組織評為世界文化遺產，併成為國家5A級旅遊景區。
在龍門古陽洞，慈禧太后下旨整修了古陽洞中的一尊佛像。古陽洞位於龍門西山南部，隋唐時期擴鑿而成，進深11。55米，寬6。90米，高11。10米。洞中的主佛釋迦牟尼像由於多次遭到毀壞而面目全非。慈禧太后下旨將佛像整修成老君像，古陽洞也稱“老君洞”。
慈禧太后為什麼要把這尊佛像整修成太上老君？光緒初年，慈禧太后被尊稱為“老佛爺”。在“庚子事變”慈禧太后西逃西安期間，為了排解胸中鬱悶，她多次到西安的八仙宮燒香。八仙宮是道觀，裡面供奉的是太上老君。慈禧太后請道長講解道家真諦，慢慢的就喜歡上了道教，對太上老君非常崇敬。據說，當她看到龍門古陽洞中那尊佛像被毀得面目全非時，就想在佛教的石窟裡增添一尊太上老君的像以示尊崇。這就是為什麼後來古陽洞也稱為“老君洞”的緣故。由於當時太上老君的像是用泥塑彩繪而成，到20世紀50年代時多有損壞，因此在龍門整修時，又將老君像恢復成原樣。原龍門研究所所長劉景龍儲存了一張當時河南府按慈禧太后懿旨將佛像改修成的老君像。此事《洛陽市志》上也有記載。
中午，慈禧太后一行在西山奉先寺前用膳，午膳是御廚製作後送來的。午膳後過伊水浮橋，賞伊闕美景，遊香山寺，登白居易“九老詩社”故地。香山寺和白園相連在龍門東山，與西山石窟隔河相望。香山寺始建於北魏熙平元年（516年），天授元年（690年）武則天在洛陽稱帝，梁王武三思奏請敕名“香山寺”並重修該寺。當時香山寺飛閣凌雲，巍巍壯觀，武則天常御駕遊幸，並留下了“香山賦詩奪錦袍”的佳話。
十九日晚，慈禧太后和光緒帝一行駐曄龍門，當時龍門驛已經破敗，慈禧太后和光緒帝住在了龍門東山腳下臨時搭建的中帳。
有傳說，慈禧太后和光緒帝游龍門險些遇刺。洛陽伊川人王鼎三寫了一部長篇小說《洛陽風雲》，其中描寫慈禧太后迴鑾時路過洛陽，在游龍門時險些遇刺，狼狽離開。不管是傳說還是小說，當時在龍門確實有人乘機搗亂，不過慈禧太后和光緒帝有驚無險。
清末時，清政府控制國家的能力已經大大減弱，全國各地各種幫會群團的暴力行為以及革命黨人的活動四起，洛陽伊川等地土匪活動比較猖獗。伊河東邊彭婆有個四五十歲的土匪叫張黑子，打家劫舍，經常與官府為敵，知府文悌曾經命令捕快多次捉拿都沒有捉到，張黑子越鬧動靜越大。伊河西庠的鳴皋也有一個土匪叫王天縱，本來是個局勇，因與地方豪紳鬧了矛盾，永人放火之後到南山落草為寇，拉起了土匪杆子，公然對抗官府。當時兩股工匪聽說慈禧太后要來龍門，聯合起來並公然打出“反抗清朝”的大旗。有人說他們是反清義士，官府說他們是叛逆賊寇。文悌曾經派團總朱至貴多次到伊川一帶圍剿，終無所獲。
十九日晚，一些對清政府和慈禧不滿的革命黨人、反清志士以及士匪聯合起來準備鬧事。為了保護兩宮，慈禧太后和光緒帝隨駕的衛隊、洛陽綠營官兵和地方團總嚴陣以待。妄圖起事的這夥烏合之眾看到這種情況，知諸鬧騰也不會有什麼結果，但不肯善罷甘休，從後半夜開始，騷擾了大概三個多時辰，天快亮時這夥烏合之眾四散。慈禧太后和光緒帝雖然受到驚嚇但有驚無險。由於天黑，保護兩宮的隊伍裡有個頭目是個貝勒，因保護兩宮意外骨折。