說起吳應熊，映入腦海的第一印象是在《鹿鼎記》中被刁蠻任性的建寧公主剪掉命根子的那個倒楣蛋。在歷史上，吳應熊確實是建寧公主的額駙，也是平西王吳三桂世子。但建寧公主在歷史上可不是康熙的妹妹，而是他的姑姑。
吳三桂降清後，攝政王多爾袞對其防範甚嚴，先是讓他率軍追擊李自成的大順軍，隨後又調其鎮守關外重鎮錦州，實際是為了便於監視。後來又派他隨八旗將領李國翰率軍入川，征剿張獻忠的大西軍。順治八年（1650年），多爾袞狩獵時墜馬，不久病逝，吳三桂自此得到順治帝的重用，受封為平西大將軍，南征雲貴，追剿南明永曆政權。
順治帝雖然重用吳三桂，但對其仍有防範。順治十年（1653），由孝莊太后主婚，將年僅13歲的建寧公主許配給吳三桂之子吳應熊，建寧公主是皇太極第十四女，順治帝同父異母的妹妹，這是一場徹頭徹尾的政治婚姻，目的是讓吳應熊以額駙的身份留居京師，做為人質來牽制手握雄兵，坐鎮西南的平西王吳三桂。
吳應熊留京期間屢獲封賞，授三等子爵，加少保兼太子太保。康熙七年（1668年），晉少傅兼太子太傅。康熙十二年（1673年）十一月，吳三桂誅殺雲南巡撫朱國治，自稱天下都招討兵馬大元帥，正式起兵造反。起兵前夕，吳三桂曾派密使入京，準備接吳應熊回昆明。為了能替父親贏得更多準備時間，吳應熊堅決不走，只是把長子吳世璠和寫有康熙提前削藩的信函交給密使，帶回雲南。
吳應熊明知父親起兵造反，朝廷一定不會放過自己。之所以冒險留在京城，除了視死如歸的決心外，還懷有一絲僥倖心理，那就是和建寧公主的夫妻關係。畢竟建寧是康熙帝的姑姑，他倆的婚配又是由孝莊太后一手主持的，吳應熊認為憑著這層關係至少能夠保全性命。
吳三桂起兵造反的訊息傳到京城，康熙帝龍顏大怒，立即將吳應熊逮捕入獄。建寧公主向孝莊太后苦苦哀求，希望能留他一條性命。孝莊不愧為清初著名的政治家，她知道處死吳應熊不僅關係到朝廷的臉面，更關係到朝廷上下對平定叛亂的決心。因此毫不顧及建寧公主的情面，支援康熙帝誅殺吳應熊父子，因此根本就不存在孝莊出面求情卻毫無效果的說法。
康熙十三年（1674年）四月十三日，吳應熊和次子吳世琳被誅殺，表露了朝廷與叛軍勢不兩立的強大決心，隨後調遣各地駐軍前往平叛。當時的形勢對朝廷極為不利，康熙當時年僅20歲，自幼長於深宮，從未經歷戰陣。朝廷一貫依賴的八旗勁旅因承平日久而腐化墮落，戰鬥力嚴重下降。叛軍首腦吳三桂戎馬半生，經營西南各省長達十餘年之久，兵精糧足，手下部將皆為百戰精銳，又與平南王尚之信，鎮南王耿精忠等遙相呼應。
可惜歲月不饒人，以62歲高齡起兵的吳三桂到底敵不過歲月的侵蝕，於康熙十七年（1678）在衡陽病逝。吳三桂死後，叛軍內部爭權奪利，一盤散沙。朝廷用三年時間，攻入雲南省城昆明，吳周第二任皇帝，吳應熊長子吳世璠舉刀自刎，宣告三藩叛亂的終結。這場清初規模最大的叛亂，前後歷時八年，最終以清軍的全面勝利而告終。