自古以來，海陸豐沿海的甲子門、石橋場、捷勝、大德、白沙湖、長沙、平海、汕尾等海港一直是粵東的重要門戶，是海上商業貿易的必經水道和泊錨地。其民間的富庶繁華景象，也引起倭寇和海盜集團的覬覦眼光。明清時期，歷屆王朝為保護這一帶海洋交通要道和鹽稅重地，均派有重兵設塘汛駐守。自洪武二十八年（1395）碣石衛城建置起，隨著廣東都司花茂帶來的80多員戰將和5600名旗軍，駐守於海豐至歸善沿海地區，其海邊防重要性日益凸顯。在碣石衛所城的屏障下，東至閩粵邊界的南澳島，西至大鵬灣的珠江口，南至煙波蒼茫的東沙群島，都是碣石水師戰船的巡洋區域。正如《海疆圖說·粵東海圖說》所說：“粵東列郡有十，濱海者分為三路：潮、惠為東路……東路與福建相接。外而南澳，為閩、粵交界之區；扼抗撫背之防，甚屬緊要。……若惠州海豐屬東南濱海，而碣石衛、甲子所、捷勝所、平海所、白沙、遮浪、汕尾等處雖易藏奸，而重鎮握兵，亦賴以無虞。”
明代碣石衛的海防戰事，主要發生在嘉靖中後期至明清政權的鼎革時期。嘉靖中年以前，粵東沿海正處於上升時期，天下太平，海氛平息，海豐沿海呈現一派經濟充裕、歌舞相聞的繁華景象。碣石衛水師部隊維持了170多年的安定局面。所謂“兵食饒贍，振層巒而控渤海，兼之形勝制置，約法既定，垂給昇平者百餘年”。即使明永樂九年發生的倭寇入侵龍溪都、宣德三年爪哇國使臣遭遇的暴風漂浮海岸、正統十四年廣東都司調碣石部隊征剿瀧水信雷、以及景泰三年發生的海盜勾結倭寇進犯海豐、正德十年碣石衛官兵捕殺徭民領袖林滿山等等事件，碣石衛水師鎮守的南疆海防仍然固若金湯，基本上沒有較大的動亂。逮至嘉靖三十九年（1560）二月，由於軍屯制度發生官貪兵驕之蛻變，碣石衛城出現了嚴重的兵變事件，導致傳統的世襲制崩潰。自此，世襲制逐漸被新生的營兵制取而代之。嘉靖四十年以後，隨著倭寇、荷蘭武裝商隊和海盜、山寇等內憂外患的加劇，以及日益頻繁的戰事，碣石海防不堪維護安定的局面。在嘉靖中後期，為平息氣焰極其囂張的倭寇和海匪，朝廷在碣石港建置水寨和惠潮守備府，派駐惠潮參將等。並派來著名抗倭將領俞大猷、湯克寬、郭成等總兵，以及白翰紀、侯繼高、魏宗瀚等惠潮參將，他們相繼進駐碣石衛城，對外抵禦倭寇、紅毛番的入侵，對內鎮壓海盜山寇，竭力維護粵東海疆的安全。其可歌可泣的英雄事蹟，書寫了一段蕩氣迴腸的滄桑歲月。
根據歷代典籍記載的不完全資料統計，明代碣石衛水師參與的重大戰事共有20多次。其中出征到外港外地的重大戰事8次以上；例如嘉靖四十三年湯克寬平定柘林兵變，嘉靖四十五年俞大猷擒獲河源李亞元，隆慶二年郭成剿滅廣洋澳曾一本等，以此先後剿滅了吳平、曾一本、林道乾、林鳳等閩粵沿海大海盜。除此，發生在本土海陸疆域的重大戰事，也有18次以上，先後招撫或剿滅了伍端、王西喬、葉丹樓、溫七、賴元爵、藍一清、曾振等海豐北部山區的武裝集團。這些戰役，影響最深遠的戰事，是俞大猷殲滅倭寇的潮州大捷和海豐大捷；最快人心的戰事，是郭成伏擊倭王丘古所的大安峒戰鬥；最慘烈的戰事，是鄭芝龍征剿劉香的田尾洋戰役。此外，在碣石衛管轄的甲子至平海的海洋疆域，以及所管轄的陸地山川，先後發生了惠州海賊楊復攻克甲子城、千戶董宗儒戰死；水寨把總葉臺為抵禦海寇戰死於碣石出海口，以及碣石城、甲子城三次淪陷等一系列的海防戰事。
清代碣石鎮水師參與的重大戰事共有33次以上。其中發生在本土海洋疆域的重大戰事共21次。清順治至康熙初年的明清鼎革時期，主要有鄭芝龍與劉香龍爭虎鬥，爭奪閩粵海洋霸主；蘇成、蘇利率領紅頭軍造反，割據碣石衛城；海豐南明參將薛進舉旗反清復明，與平南右翼固山班志富發生的戰事。逮至康熙二十年十月，福建水師提督施琅出征臺灣，逼使臺灣鄭氏政權投降後，全面恢復漁農業生產和海運。至乾隆盛世，碣石鎮海域清明，進入短暫的和平時期。乾隆晚年，天地會在閩粵臺興起，會首蔡牽將海疆鬧得天翻地覆。碣石鎮水師費了九牛二虎之力，才將蔡牽鎮壓下去。自嘉慶六年至十年起，以馮建功、洪蕃鏘總兵率領的碣石水師總兵，連年在甲子海追擊等海上武裝集團，終於殲滅了大海盜朱濆和李崇玉。清末，碣石副將吳祥達出動水師部隊，鎮壓了海豐境內三點會首洪亞重。然後出兵配合原碣石總兵、陸路提督的鄧萬林，撲滅了鄭士良等率領的三洲田起義，但也挽救不了日落西山的清帝國。
與此同期，碣石鎮水師出征外港的重大戰事共有12次。其中康熙二十二年，以遊擊曾成率領的碣石水師戰船，隨同福建水師提督施琅出征臺灣，逼使臺灣鄭氏政權投降；嘉慶十五年，以總兵黃飛鵬率領的碣石鎮水師戰船，剿滅和招撫珠江口和粵西等地流竄的“五色旗幫”；乾隆五十二年以平海營參將廖光宇、碣石中營遊擊許廷進、捷勝右營都司曾偉等率領的碣石鎮水師部隊，隨同福康安出征臺灣，擒獲天地會起義領袖林爽文；乾隆五十二年以平海營參將許廷進、右營都司盧文魁等率領的碣石鎮水師部隊，隨同兩廣總督孫士毅遠征越南，逼使阮氏政權投降；道光十九年以總兵黃貴率領的中營遊擊羊英科、右營都司麥廷章等碣石鎮水師，參加虎門焚煙和炮臺保衛戰，震動中外；咸豐十年以總兵李揚升、參將何萬華、中軍遊擊李正植率領的碣石鎮水師戰船，西征攻佔潯州城，被慈禧太后賜匾“威宣嶺表”。其中最紛紜複雜的是劉進忠反清和鄭成功集團南下勤王，最慘烈的是薛進抗清和蘇利反清戰役，影響最深廣的是碣石水師兩次遠征臺灣；還有道光十九年碣石水師出師珠江口炮轟英國軍艦、虎門禁菸等反侵略事件。
