雖然蒙古人確實統治了中原近百年
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但是明朝中央對於蒙古社會的瞭解其實是錯誤的，從而在解決問題的時候使用了錯誤的手段和方法
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而清朝中央對於蒙古社會的瞭解顯然是全面的，所以找到了一種高效的治理蒙古地區的手段。對於明朝來說，蒙古地區對於明王朝沒啥太大的吸引力，加上皇漢思想的流行，中原王朝天然的蔑視其他地區的國家
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導致了明朝對於蒙古缺乏基本認識，對於蒙古地區的戰爭往往是你死我活的種族戰爭，這種情況下蒙古人根本輸不起，輸了什麼都沒有了。
所以任何一個蒙古人都會且只能選擇殊死反抗
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並且找機會就去打擊明王朝，並且這種對於明王朝的打擊會得到包括貴族和貧民以及努力的天然支援
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因為明王朝是要打擊的是所有人的利益
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反觀清朝，棍棒加甜棗
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投降的部落首領，民眾還是首領在管理
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這就有點像民國軍閥戰爭一樣，成了純粹的利益戰爭了，而不是種族之間的生死存亡
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其次明末才進入草原遊牧民族的經濟模式，無法適應的火器戰爭時代，清代承襲明代自然有壓制草原遊牧民族的條件，注意滿族只是非漢族而已，而且是個與漢族一樣的定居農耕民族。
滿清時期，俄羅斯向東方擴張，佔領了貝加爾湖地區這一遊牧民族的江南偏安地區，傳統的退守偏安地區沒有了
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喀爾喀蒙古投降滿清時說很清楚了，以滿清的視角而言，喀爾喀蒙古被準格爾擊敗，不願意向北投降俄羅斯，所以南下投降滿清
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注意是因為俄羅斯佔領了貝加爾湖，他們無法驅逐俄羅斯重佔貝加爾湖才南下投降滿清。
再者滿清吃了近代國家意識形態形成的大紅利
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1644年是個分界點，全世界都在如火朝天的大發展而中國卻開始了最大的動盪
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僅僅幾十年時代就不一樣了，各國紛紛形成的近代邊界對遊牧民族落後的生產方式和他們賴以為生的機動性和廣闊生存空間形成了毀滅性打擊，從近代國家意識形態基本形成的那一刻開始蒙古就徹底一蹶不振了
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所以滿清能夠降伏蒙古本來就是一種莫大的悲哀，滿清直到甲午海戰開戰都沒有從輕而易舉降伏蒙古這一點上認識到世界已經徹底改變了。
國家的邊界線已經徹底推到了滿清的邊上，當然西方的殖民主義入侵即成全了滿清的大融合也為中國書寫了幾百年的悲哀
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所以損害的利益只是貴族階級的利益
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但是這種利益損害，在蒙古貴族能夠接受的範圍內
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就算是蒙古貴族對於清朝不滿意，他也不會真的下老本去反抗
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因為要是真的把部落打完了，輸了就成光桿司令了。
相較於明朝面對封王爵的謹慎態度，清朝一口氣封了幾十個王爺
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並且把領地固定了
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每個王爺都不能去侵略其他王爺的領土
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這還不算貝勒之類的貴族爵位
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從而導致了蒙古地區很難形成向心力，你想造反，他想用你的人頭升官發財
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所以綜合實力雖然強，但是個體實力並不強
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同時為了防止蒙古人口自然增長帶來的實力增長，滿清在蒙古地區實行黃教統治，一家只留一個男性傳宗接代，其他男孩都出家當和尚，從而讓蒙古地區人口自然增長變慢。
最後明朝中後期只對於蒙古有經濟上的優勢，並沒有軍事上的優勢
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後來趁著蒙古發生內亂，才透過收編而不是軍事征服的辦法建立起對蒙古的優勢
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那個時候蒙古已經大勢已去，即使沒有後面的滿清，只要過個幾十年，衰落的晚明也能征服蒙古
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但問題在於透過收編快速征服少數民族的方法埋下了明朝滅亡的禍根。