流感病毒變異有抗原性變異、溫度敏感性變異、宿主範圍以及對非特異性抑制物敏感性等方面的變異，但最主要的是抗原性變異。抗原性變異與其他病毒不同，變異有兩種形式，即抗原性轉變和抗原性漂移。
接下來就詳細介紹一下抗原性轉變和抗原性漂移。
抗原性轉變：抗原性轉變變異幅度大，屬於質變，即病毒株表面抗原結構一種或兩種發生變異，與前次流行株抗原相異，形成新亞型，由於人群缺少對變異病毒株的免疫力，從而引起流感大流行。如果兩種不同病 毒同時感染同一細胞，則可發生基因重組形成新亞型。
抗原性漂移：抗原性漂移變異幅度小或連續變異，屬於量變，即亞型內變異。一般認為這種變異是由病毒基因點突變和人群免疫力選擇所造成的，所引起的流行是小規模的。在感染人類的三種流感病毒中，甲型流感病毒有著極強的變異性，乙型次之，而丙型流感病毒的抗原性非常穩定。
流感病毒變異非常快是由於流感病毒本身的特性所決定。引起人類致病的流感病毒主要為甲型流感病毒和乙型流感病毒，其中，又以甲型流感病毒最為常見。甲型流感病毒中含有的三種成分包膜糖蛋白、血凝素和神經氨酸酶，它們的抗原特徵具有發生週期性變化的顯著能力，這是流感病毒變異的根本原因所在。而流感病毒變異，實際上就是這些成分發生抗原性轉換和漂移。