黃藥師生平憾事莫過於，才華橫溢的他，沒能在華山論劍中奪得天下第一。以至於在面對王重陽時，他內心深處有一種難以名狀的距離感。為了縮小與全真教的距離，他便把希望都寄託到了自己的傳人身上。
所以，我們看射鵰，黃藥師與全真教一直是不和的。而黃藥師看到全真七子之時，經常掛在嘴邊的一個詞就是“雜毛”。黃藥師已經收了六位弟子，偏生他們又是那樣不爭氣，最後被一氣之下的黃藥師，盡數趕出了桃花島。他的希望也都寄託在了一個人身上，此人便是神鵰俠侶的主角楊過。
黃藥師初遇楊過，一聊之下，二人相見恨晚，互引對方為知己。攀談數日，二人如膠似漆，難捨難分。恰時，黃藥師遇到一個棘手的問題，李莫愁。
李莫愁睜開眼，在五人臉上一掃過，臉有鄙夷之色。
這五個人包括楊過和黃藥師。黃藥師自恃身份，不敢動她。面對李莫愁，連足智多謀的黃藥師，竟也是一籌莫展的。
若是我陳、梅、曲、陸，四大弟子有一人在此，焉能讓她多嘴？
在此時，黃藥師苦於不能對李莫愁動手，竟不自覺念及徒弟的好來。早前，他的一幫徒弟，被他斷了雙足，還趕出了桃花島。
黃藥師氣憤之餘，寢食難安，眾人見他悶悶不樂，都猜不透他的心意。這之前，黃藥師欲傳自己“邪”名給楊過，好教後人知道，江湖中黃老邪之外，還有一個楊小邪。言下之意是黃藥師有心要收楊過為徒，哪知楊過卻是拒絕的。
也非定須師徒，方能傳揚你的邪名。
看得出楊過拒絕比較委婉，一是因為他生性狂傲，即便黃藥師是前輩，武功又十分高強，他也不肯向對方低頭；二是因為他心裡，始終還是放不下小龍女。
黃藥師鬱鬱寡歡，一來是他欣賞楊過，楊過卻不肯拜他為師；二來確實是李莫愁惹怒了他，他卻拿她沒轍。
對於楊過來說，李莫愁何嘗不是他的敵人？從他入得古墓派，成為古墓派一員的那一刻起，他與李莫愁的關係就是對立的。後來，楊過為救陸無雙，也曾多次與李莫愁正面為敵。待黃藥師無意間點破李莫愁弱點時，縱使楊過為人再過傲氣，內心也不得不對黃藥師拜服。
他（楊過）本來甚是自傲，知黃藥師武功深湛，卻執拗不肯向他低頭，此時聽說李莫愁橫行天下的功夫竟然唾手可破，怎能不服？
之後，黃藥師便藉此機會，將獨門絕技彈指神通傳給了楊過。以彈指神通剋制李莫愁的五毒神掌。後又傳他一門玉簫劍法，專門用於對付李莫愁的浮塵功夫。
楊過跪下地來，拜了八拜，叫了聲：師父！
黃藥師欣然接受，之後二人擊掌暢然大笑。
楊過無疑是黃藥師傳人中，實力最為不俗的一位。
楊過拜黃藥師為師前，曾縱聲長嘯，黃藥師聽到之後，內心不禁生出一番感嘆。
我生平自負，卻也要三十歲後方能達到這種境界。這少年（楊過）竟是比我早了十年以上！
難怪黃藥師會極力收他為徒，原來他早就瞧出了楊過的不凡。
直到《神鵰俠侶》第三十七章“三世恩怨”，黃藥師再次與楊過相遇。黃藥師見到了楊過新創的黯然銷魂掌法驚奇不已，慨嘆楊過完全可憑此新創武功，卓然而成為大家。
黃藥師要一窺全豹，楊過稱正要請他指教。黃老邪和楊小邪的這一戰，就此拉開帷幕。
黯然掌使到一半，黃藥師落英神劍掌已相形見絀，自忖掌力不敵，伸指一彈，將楊過拍出的掌力化解。
黃、楊二人對戰的結果是：彈指神通與黯然掌鬥了個旗鼓相當，誰也沒能贏誰。黃藥師甚至坦言，以掌力而論，自己的落英掌要輸掉一籌，能與楊過掌力比高低的，就只有郭靖的降龍掌。
黃藥師對楊過的這一番評價，使得楊過在神鵰中的武功，有了一個準確的定位。黃藥師拿自己跟楊過比，又引郭靖跟楊過對比。說明楊過的武功，已經達到了五絕級別。黃藥師對楊過的一番誇讚，豈非也是對自己慧眼識人的肯定？
黃藥師傳人那麼多，實力不俗的就只有一位，此人正是楊過。有楊過一位這樣的傳人，黃藥師一生也該知足了。