作為小龍蝦生活棲息的場所的池塘，其環境好壞直接影響到小龍蝦的生長和健康，因此，在放蝦之前，要去除淤泥，平整池底，認真進行池塘修整，使池塘具有良好的保水效能，通常，蝦塘經過一年的養殖，各種病原體以不同的途徑進入池中，加上池裡雜草叢生，塘底淤泥沉積過多等因素，也促進了病原體的繁衍。為預防蝦病，必須堅持每年清塘消毒，清塘消毒的方法多種多樣，目前主要有以下幾種：
1 . 常規清塘
冬閒時，可將存塘的蝦捕完，排乾池水，挖去過多的淤泥，將池底日曬1-15天，既可以使池塘土壤表層疏鬆、改善通氣條件，又可以加速土壤中有機物質轉化為營養鹽類，還能達到病蟲害的目的。
2 . 藥物清塘
生石灰、漂白粉和茶籽餅等是常用的清塘藥物，其中，生石灰、漂白粉效果最佳，消毒一般安排在親蝦或蝦苗放養前10天左右，清塘消毒的主要目的是將池中的野雜魚及有害病原體徹底清除，目前，清塘消毒的主要方法為：
（1）生石灰清塘
生石灰具有來源廣泛，使用方法簡單的特點，蝦池整修後，晴天就可以進行清塘消毒，一般10釐米水深用深石灰50-75千克/畝，需要注意的是生石灰現用現化，趁熱潑灑全池。使用生石灰消毒有兩大好處：一是提高水體pH，二是增加水體中鈣的含量，可促進親蝦生長蛻皮。7-10天后，生石灰藥效基本消失，此時即可放養親蝦。
（2）漂白粉、漂白精清塘
使用漂白粉清塘的有效成分為次氯酸和氫氧化鈣其中次氯酸有強烈殺菌作用，一般清塘用藥量為漂白粉20毫克/升，漂白精10毫克/升，使用時用水稀釋，潑灑全池，還要注意施藥時應從上風向向下風向潑灑，以防藥物傷及眼和面板，藥效會殘留5-7天，過後即可放養青蝦，使用漂白粉應注意以下事項：
①把漂白粉直接放在空氣中，容易使其揮發和潮解，使用前應將其存放在乾燥處，把漂白粉放在陶瓷器或沒志氣內密封，可以很好的儲存漂白粉，避免失效。
②潑灑漂白粉溶液，千萬不能採用金屬製器，金屬製器會腐蝕漂白粉，而導致其藥效降低。
③使用漂白粉的操作人員一定要佩戴口罩和橡膠手套，同時切記不能在下風處潑灑，以防中毒，同時要防止衣服沾染藥劑而被腐蝕。
（3）茶籽餅清塘
在我國南方各地，漁民普遍使用茶籽餅來清塘茶製品，對魚類有殺滅作用，但對甲殼類動物損傷，具體用法為，將茶籽餅敲碎，用水浸泡，水溫25度時，浸泡24小時，使用時加水稀釋，全池潑灑，用量為35-45千克/畝（1米水深），清塘後7-10天即可放親蝦。
除以上四種方法外，現在一些魚藥生產廠家也生產了一些高效清塘藥物。
對於養殖單位和個人，要慎重選用有效安全的清塘方法，不論是哪種清塘方法都要選擇在天氣晴朗時進行，這樣不僅藥效快，殺菌力強，而且毒力消失快，較為安全。