奧美拉唑是臨床上常用的抑酸藥，屬於質子泵抑制劑，透過抑制胃壁細胞表面的H+-K+-ATP酶來降低胃酸分泌，防止胃酸形成，對基礎胃酸分泌和各種刺激因素引起的胃酸分泌均有很強的抑制作用，且抑酸作用時間長，單次口服抑酸作用可維持24小時之久，亦可抑制胃蛋白酶的分泌。適用於胃食管反流病的癒合和症狀治療，防止復發的長期維持治療，胃、十二指腸潰瘍的治療，與適當的抗生素聯合用藥根除幽門螺桿菌，癒合十二指腸潰瘍及防止潰瘍復發。
奧美拉唑與下列藥物合用可增效：
促胃腸動力藥：對於功能性消化不良患者，如果以上腹痛、上腹灼熱感為主要症狀，可以使用奧美拉唑，如果以餐後飽脹、早飽為主要症狀，可以使用多潘立酮、莫沙必利或伊託必利等促胃腸動力藥，對療效不佳者，奧美拉唑可與促胃腸動力藥合用，增強療效。對於胃食管反流病患者，奧美拉唑是主要治療藥物，有助於迅速控制症狀、治癒食管炎，多潘立酮、莫沙必利或伊託必利能透過增強食管下括約肌壓力、改善食管蠕動功能、促進胃排空，從而達到減少胃內容物食管反流及減少其在食管的暴露時間，對於療效不佳的患者，奧美拉唑可與促胃腸動力藥合用以增強療效。
胃黏膜保護劑：對於胃、十二指腸潰瘍患者，奧美拉唑聯合鋁碳酸鎂、硫糖鋁、瑞巴派特等胃黏膜保護劑有助於提高潰瘍癒合率。
胰酶：奧美拉唑可提高胰酶的生物利用度，增強其療效，兩者聯用對胰腺囊性纖維化引起的頑固性脂肪瀉及小腸廣泛切除術後功能性腹瀉有較好的療效。
抗菌藥物：對於幽門螺桿菌敏感的抗菌藥物，如阿莫西林、克拉黴素、呋喃唑酮等，與奧美拉唑聯用有協同作用，可提高畫質除幽門螺桿菌的療效。
奧美拉唑與下列藥物有相互作用，不能一起服用：
蛋白酶抑制劑：奧美拉唑治療期間增加了胃腸PH值，可能會改變其他蛋白酶抑制劑的吸收，其他可能的機制則為透過抑制CYP2C19酶而引起藥物相互作用，如阿扎那韋、奈非那韋在與奧美拉唑聯合給藥時，其血清濃度會降低，因此不建議聯合使用。
抗真菌藥：在奧美拉唑治療期間，由於胃酸下降，可增加或減少吸收過程受胃酸影響藥物的吸收，如可導致酮康唑和伊曲康唑等抗真菌藥物吸收降低，不推薦聯合使用。奧美拉唑與伏立康唑合用，可互相增加血藥濃度，建議必要時調整用藥劑量。
華法林：奧美拉唑與華法林合用時，可使華法林半衰期延長，代謝減慢，增加出血風險，當開始合用或停用奧美拉唑時，建議監測華法林的血藥濃度。
精神藥品：奧美拉唑與地西泮、西酞普蘭、丙米嗪、氯米帕明、苯妥英鈉等精神藥品合用時，這些藥物的血藥濃度可被升高，可能需要降低劑量。
氯吡格雷：氯吡格雷與奧美拉唑合併使用時。可降低氯吡格雷活性代謝產物的血漿濃度，進而降低血小板抑制作用，因此應避免奧美拉唑與氯吡格雷聯合使用，在使用奧美拉唑時應考慮其他抗血小板藥物治療。
地高辛：奧美拉唑可造成低酸環境，使地高辛較少轉化為活性物，降低其療效，服用奧美拉唑及其停藥後短時間內應調整地高辛劑量。
鎮靜催眠藥：使用三唑侖、氟西泮、勞拉西泮期間，給予奧美拉唑可致步態紊亂，停用即可恢復正常。
特殊製劑：奧美拉唑可改變胃內PH值，從而使緩釋或控釋製劑收到破壞，藥物溶出加快。
其他：奧美拉唑可抑制潑尼松轉化為活性形式，降低其療效；奧美拉唑可使環孢素的血藥濃度升高或降低；奧美拉唑抑制胃酸，使胃內細菌總數增加，致使亞硝酸鹽轉化為致癌性的亞硝酸，奧美拉唑聯用維生素C或維生素E，可能限亞硝酸化合物形成。