光緒二十六年（1900年）7月20日，八國聯軍兵臨北京城下，清朝都城危在旦夕。面對著兇殘的八國聯軍，曾對諸國宣戰的慈禧卻沒了膽魄，她準備帶著光緒帝一干人等，立刻離開北京城，向西逃跑。這時的慈禧是狼狽的，她一刻都不想在北京城多待，然而在這樣緊迫的關頭，慈禧竟然專門令人處死珍妃。慈禧與珍妃之間到底有什麼仇怨，以致於慈禧非殺珍妃不可？其實，慈禧殺珍妃，主要有兩個原因。
第一個原因與珍妃支援光緒變法有關。珍妃是中國古代少有的，接受西方先進思想，敢於和宮廷封建禮教抗爭的嬪妃。珍妃出身官宦之家，但她思想自由，膽識過人，深知清朝國力羸弱，唯有改革才能挽救國家。珍妃知曉丈夫光緒帝的苦楚和改革理想，於是她堅決支援丈夫進行改革。大膽的珍妃甚至多次在與慈禧發生意見分歧以後，當面頂撞慈禧，這是光緒皇帝都不敢做的。
儘管光緒是皇帝，但慈禧才是清朝的實際主宰者，珍妃明白這一點。為了擺脫慈禧的控制，珍妃不斷慫恿光緒進行改革，同時從慈禧手中要回權力，得到實權。珍妃的行為，徹底觸犯到了慈禧的逆鱗，這位清朝的鐵腕太后，最不能容忍的就是他人染指她的權力。因而，不斷慫恿光緒皇帝奪權的珍妃，自然讓慈禧懷恨在心。
慈禧曾多次訓斥珍妃，還逼著光緒冷落珍妃。在找到珍妃把柄以後，慈禧還百般羞辱她，將她打入冷宮。八國聯軍兵臨城下以後，慈禧打算帶著光緒皇帝走，而珍妃無疑是一個不穩定因素，將她帶在路上，很容易讓光緒產生“不正確”的想法。所以，慈禧即使在逃跑的緊要關頭，依舊不忘命人將珍妃推進井裡淹死。
當然，除珍妃支援光緒變法以後，珍妃被慈禧殺害，還有一個原因，那就是珍妃本就與慈禧有仇。光緒帝一共有一位皇后，兩位妃子，但他獨寵珍妃一人，而冷落了慈禧太后的親侄女裕隆皇后。這讓慈禧太后對珍妃十分不滿，一直想收拾她，而珍妃也給了慈禧機會。
在後世的作品當中，珍妃往往是一位心繫改革的進步者，一位命運悲慘的可憐者，但客觀地講，珍妃不是一位出淤泥而不染的賢妃。珍妃一直在幹著賣官鬻爵的勾當，她藉助光緒帝的寵愛，替不少人謀求官職，以換取回報。而這，也使得慈禧有了對珍妃發難的理由，她以“干預國政”為由，將珍妃打入冷宮。
可以說，慈禧本就對這位讓自己侄女失寵的“狐狸精”非常不滿，再加上珍妃多次慫恿光緒變法奪權，慈禧早已有殺她之心。在八國聯軍即將攻入北京城時，慈禧逃跑前，擔心珍妃以後會是一個不穩定因素，因此她以“帶走珍妃不便，留下又恐其年輕惹出是非，有辱皇家顏面”為由，將珍妃投入井中殺害。