ChemDraw憑藉強大的繪圖功能已成為化學人首選結構繪製軟體,然而人類的本質是“懶惰”,每天處理一大堆的瓶子、柱子、圖譜已經是個大工程了,如果在畫圖和科研的過程中能有一點點的“方便”可以大大的提高工作效率那真是一件幸事!前幾天看到了同學推薦給我的這款極速提取化學結構軟體
【StoneMIND Collector】
(下文簡稱Collector),在深度使用兩週之後,
感覺Collector真的是太好用了,而且還免費!!
不敢獨享,特分享給大家。
推薦等級:★ ★ ★ ★ ★
望石
の初印象
●
使用
方便
+高準確度識別各類化學結構
選中任意檔案中的化學結構後截圖,短短1-3秒就可以識別成計算機可編輯格式的結構檔案。識別準確度很不錯,給出清晰漂亮的化學結構,節省繪製時間,超讚~
● 收藏識別後結構獲取分子資訊預測結果
基於AI的演算法模型及各類知識規則預測一系類分子的性質例如結構性質(類藥性/可合成性/分子量/氫鍵受體及供體數目/PSA/芳香環數目)、理化性質(溶解度/LogP)、DMPK性質(Caco-2腸滲透性/生物利用度/血漿蛋白結合率/血腦屏障穿透率/PGP底物/CYP450抑制劑)、毒性(h-ERG-心臟毒性)。在軟體裡將識別的分子點選收藏後再點選收藏夾跳轉網頁版即可檢視該分子的所有預測性質。這些資訊的反饋,對於藥學領域研究人員來說,極為珍貴!對於結構的理解,幫助極大!再贊~
●識別後結構格式相容ChemDraw及其他畫圖和CADD軟體
很多人習慣了ChemDraw裡畫結構和進行各種基團部位的修飾,Collector也能一鍵複製smiles或者mol直接在ChemDraw裡開啟。支援下載為sdf檔案格式,可在ChemDraw/InDraw/KingDraw專業畫圖軟體及各類CADD軟體中開啟檢視和進一步編輯。
●免費
再也不用到處找破解軟體安裝包了,這一點相當友好!贊贊贊~
望石
の後印象
都說男女間談戀愛是“始於顏值,陷於才華,忠於人品”,用這句話形容我對這款軟體的使用感受也絲毫不差。
從軟體下載、安裝到開啟使用都非常絲滑,軟體介面非常“清秀”
,相比於部分科研軟體的“嚴謹科技簡潔”的介面風,Collector的介面UI設計很符合當下年輕人的審美。容易上手,使用方便。
在試過一些小分子後想給它找點難度,找了一篇課題組已發表的成果中分子式相對較多的文章(參考文獻為ACS Catal。 2019, 9, 4054−4064),將專業方向中常用的木質素大分子結構作為選取物件,其結構是這樣的↓
選擇這個結構進行識別的理由是:這個結構我們經常用到且畫起來很費功夫,除此之外如纖維素和半纖維素與木質素結構相似,都是長鏈分子且出現頻率很高。同時因為木質素的獨特性,其中的苯環間的連線鍵是不同的,不是簡單的畫好一個結構單元再複製貼上就能畫好的,即使在ChemDraw裡一不小心也會畫錯,在開始之前適當的降低了期待值,內心裡是覺得識別不出來的,以下是識別結果↓
左側是我提取的化學結構,中間的是軟體的提取結果,右側是放在ChemDraw後的效果,我觀察了一下,除了一個連結鍵有漏畫以外,準確率在我看來超乎想象!而且結果是可編輯的,我試著編輯了一下,識別的錯誤可以修正,整體我很滿意!非常便利!對我需要繪製化學或者生物大分子的科研工作者還是可以省去很多畫圖的時間。
除此之外還可以將這個分子結構收藏起來,需要用的時候直接調出來取用,對於我這樣一個丟三落四的人,收藏夾的功能實在太友好了!
用著用著我點選收藏夾跳轉到網頁版,不僅可以檢視我收藏分子的各種性質預測的結果,還能批次提取,一次可同時操作提取10篇pdf!幾千個結構自動排隊提取,這個不得不點個大讚~
望石
の總印象
總結一下,以下是這款軟體的主要功能~
✓ 結構美化:
支援一鍵美化結構。
✓ 名稱轉結構:
支援IUPAC名稱轉結構。
✓ 編輯校正:
包含功能齊全的結構編輯器,支援識別後對化學結構的二次修改。
✓ 快捷截圖:
一鍵截圖,隨時隨地擷取化學結構;左右對照檢視,方便識別後的化學結構對比操作。支援自定義快捷鍵截圖識別化學結構。
✓ 收藏預測:
支援將識別後的化學結構收藏起來,方便下次使用檢視。識別後的結構點選收藏支援檢視各類分子性質預測結果。
✓ 格式多樣:
支援複製成MOL和SMILES兩種檔案格式。支援下載為sdf檔案格式,可支援在ChemDraw/Indraw/Kingdraw專業畫圖軟體及各類CADD軟體中開啟檢視。
✓ 縮寫+模板豐富:
支援1000種常見基團簡寫插入和直接識別成mol/sdf/smiles格式。豐富的繪圖模板庫,糖類,環類、鹼基類、L型氨基酸等14種模板
✓ 網頁版本支援批次提取:
可上傳任意pdf或者圖片,後臺自動提取(化學結構識別)和IUPAC(標準化學名稱識別)提取結構,該網頁版目前為免費Beta版本。
科研是枯燥的,科研也可以是快樂的。攻克難題是快樂的,完成很漂亮的論文圖表就像親手創造藝術品一樣,也是成就感滿滿。希望這款軟體可以成為你的科研利器,助你乘風破浪,疾馳遠航!
軟體獲取方式詳見
以下資訊從軟體開發者國內AI製藥企業望石智慧官方渠道獲得。
Window
s版本使用者
方式一:
複製下方連結在PC瀏覽器開啟:
https://stonewise。cn/mol_product?channel=2
點選“下載客戶端”按鈕,選擇匹配您電腦的版本,即可下載。
方式二:
在PC瀏覽器中開啟望石智慧官網
點選產品介紹下的StoneMIND Collector,點選“下載客戶端”即可下載。
注意:
以上兩種方式有部分使用者可能會遇到軟體包的下載安裝操作被自動攔截,這受限於您的電腦安全設定策略,請手動允許其下載和安裝,該軟體安全無毒,請放心使用。
Mac版
本
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