朝廷欲將太平大局保，大帥統領遵旨練新操，第一立志要把君恩報，第二功課要靠官長教。第三行軍莫把民騷擾。我等餉銀皆是民脂膏，第四品行名譽要愛好，第五同軍切莫相爭吵。甲午戰爭之後，袁世凱奉旨在天津鹹水沽南約10公里督練“新建陸軍”。這也成為他日後發家的重要資本。
1901年11月，李鴻章死去，袁世凱受命署理直隸總督兼北洋大臣，次年實授，一躍而成為中外所矚目的實力人物。李鴻章臨終前曾有“環顧宇內，人才無出袁世凱右者”的遺言。
袁世凱的北洋集團勢力的急速擴張，對掌握中央政柄的滿洲親貴集團的世襲地位構成嚴重威脅。皇室親貴煽動一些御史上疏屢彈劾袁世凱權高勢重，甚至預言將步曹操、劉裕後塵。由於戊戌變法時袁世凱的表現，此時的光緒對袁世凱恨之入骨。據說被囚期間，光緒每天都會在紙上畫大頭長身的各式鬼形，寫上“袁世凱”三字，然後撕成碎片。又說光緒經常畫一烏龜，龜背寫有“袁世凱”三個字，然後貼在牆上用小竹弓射擊，射爛之後還不解氣，還要再取下來剪碎。公元1908年11月14日的傍晚，在涵元殿內，38歲的光緒皇帝悲涼地撒手人寰。光緒皇帝駕崩時，有人從已死去多時的年輕皇帝的左手心中，看到了兩個字——“殺袁”！
光緒帝和慈禧太后相繼病死後，年幼的溥儀繼位，改元“宣統”，其父載灃為攝政王。載灃因為反對袁世凱的很多新政措施，更因為戊戌政變一事他懷疑袁世凱出賣維新派，致使光緒被慈禧太后幽禁至死，對袁世凱非常痛恨。社會上關於袁世凱弒君之說喧囂，有一京報說光緒死時留五百字的遺言要殺袁世凱。
攝政王載灃藉機解除了袁世凱的所有官職，袁世凱知道光緒帝的“殺袁”一事後驚恐萬分，一夜白頭，驚嚇之餘稱疾返回河南，最初隱居於輝縣，後轉至安陽。後來袁的親信拜訪袁世凱，看到“袁公方五十一歲，鬚髮盡白，儼然六七十歲人”。